Zdaniem Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej zarówno ogólna systematyka, jak i cel Dyrektywa Rady 2003/96/WE opierają się na zasadzie, według której produkty energetyczne są opodatkowane zgodnie z ich faktycznym wykorzystaniem. A zatem zastosowanie stawki akcyzy na olej opałowy jak dla paliwa napędowego w wyniku naruszenia warunku formalnego, podczas gdy faktyczne zużycie tego oleju na cele opałowe nie budzi wątpliwości, godzi w tę systematykę i cel, a przez to jest niezgodne z przepisami unijnymi.
20 czerwca 2016 r. minister finansów wydał interpretację ogólną, w której stwierdził, że do podmiotów, prowadzących księgi rachunkowe przy użyciu programów komputerowych, które nie posiadają statusu przedsiębiorcy (chodzi tu m.in. o jednostki samorządu terytorialnego, fundacje, stowarzyszenia), należy odpowiednio zastosować okresy przejściowe do wdrożenia Jednolitego Pliku Kontrolnego, jakie zostały przewidziane dla mikro-, małych i średnich przedsiębiorców.
Prezydent Andrzej Duda podpisał ustawę budżetową na 2016 r. W ustawie założono, że dochody podatkowe budżetu państwa wyniosą: 128 mld 683 mln zł z podatku VAT, 64 mld 83 mln zł z podatku akcyzowego, 1 mld 383 mln zł z podatku od gier, 26 mld 67 mln zł z podatku CIT, 46 mld 894 mln zł z podatku PIT, 1 mld 530 mln zł z podatku od wydobycia niektórych kopalin.