20 czerwca 2016 r. minister finansów wydał interpretację ogólną, w której stwierdził, że do podmiotów, prowadzących księgi rachunkowe przy użyciu programów komputerowych, które nie posiadają statusu przedsiębiorcy (chodzi tu m.in. o jednostki samorządu terytorialnego, fundacje, stowarzyszenia), należy odpowiednio zastosować okresy przejściowe do wdrożenia Jednolitego Pliku Kontrolnego, jakie zostały przewidziane dla mikro-, małych i średnich przedsiębiorców.
Dokonanie czynności objętej zakresem opodatkowania VAT powoduje konieczność wystawienia faktury. W przypadku natomiast otrzymania zaliczki na poczet wykonania takiej czynności, podatnik jest zobowiązany wystawić fakturą zaliczkową, dokumentującą otrzymaną od kupującego wpłatę. Dodatkowo, gdy została wystawiona więcej niż jedna faktura zaliczkowa dokumentująca otrzymanie części zapłaty, a faktury te obejmują łącznie całą zapłatę, ostatnia z tych faktur musi zawierać również numery poprzednich faktur.
Przedsiębiorcy dostrzegają istotne przyczyny wprowadzenia klauzuli obejścia prawa podatkowego, uznając fakt, że międzynarodowe unikanie opodatkowania prowadzi do zmniejszenia wpływów budżetowych i ogranicza możliwości realizacji potrzeb państwa, zaburza uczciwą konkurencję oraz zmniejsza stan środków pieniężnych w polskim systemie bankowym. Zwracają jednak uwagę na znaczące ryzyka związane z wprowadzeniem instytucji obejścia prawa podatkowego, która, ich zdaniem, istotnie obniży standard ochrony praw podatnika.
Common Reporting Standard, czyli globalny standard wymiany informacji w dziedzinie opodatkowania, będzie obowiązywał najpóźniej od 2018 roku we wszystkich państwach Unii Europejskiej, w tym tych zrzeszonych w ramach Organizacji Współpracy Gospodarczej i Rozwoju - OECD. Polska jest jednym z tzw. Early Adopters, czyli krajów – stron wielostronnego porozumienia, podpisanego przy okazji corocznego spotkania Global Forum on Transparency and Exchange of Tax Information w Berlinie, które zobowiązały się do priorytetowego wdrożenia nowych standardów wymiany informacji od 2017 roku.
Otrzymanie zaliczki na poczet dostawy towarów lub świadczenia usług powoduje powstanie obowiązku podatkowego w VAT. Jest to podstawowa zasada, od której istnieją nieliczne wyjątki. Pobraną sumę traktuje się wówczas jako kwotę brutto, zawierającą VAT. Natomiast wartość podatku oblicza się według stawki obowiązującej dla danego towaru lub usługi. Problem pojawia się jednak w sytuacjach, gdy dostawa lub świadczenie, na poczet których dokonano wpłaty zaliczki, są opodatkowane różnymi stawkami VAT.