Minister finansów wydał 24 czerwca 2016 r. interpretację ogólną, w której uznał, że posiłki sprzedawane przez różnego rodzaju placówki gastronomiczne, które są przeznaczone do bezpośredniej konsumpcji, nie mogą korzystać z 5% stawki VAT. Produkty takie, co do zasady, są opodatkowane 8% stawką VAT, z pewnymi wyjątkami, do których ma zastosowanie podstawowa stawka VAT (aktualnie, prawdopodobnie tylko do końca 2016 r. - 23%). Na wysokość stawki VAT dla tych produktów nie ma wpływu to, czy ich sprzedaż będzie traktowana jako świadczenie usług, czy też jako dostawa towarów.
Zdaniem Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej zarówno ogólna systematyka, jak i cel Dyrektywa Rady 2003/96/WE opierają się na zasadzie, według której produkty energetyczne są opodatkowane zgodnie z ich faktycznym wykorzystaniem. A zatem zastosowanie stawki akcyzy na olej opałowy jak dla paliwa napędowego w wyniku naruszenia warunku formalnego, podczas gdy faktyczne zużycie tego oleju na cele opałowe nie budzi wątpliwości, godzi w tę systematykę i cel, a przez to jest niezgodne z przepisami unijnymi.
Trzy progresywne stawki podatku od sprzedaży detalicznej, czyli 0,4 proc. od miesięcznego przychodu między 1,5 mln i 17 mln zł, 0,8 proc. od przychodu między 17 mln i 170 mln zł oraz 1,4 proc. od przychodu miesięcznego ponad 170 mln zł - takie rozwiązanie zakłada nowa wersja projektu w zakresie podatku od handlu.
Organy podatkowe nie powinny wydawać decyzji odmawiającej odliczenia VAT jedynie wykazując, że dostawca podatnika był podmiotem nieistniejącym. Konieczne jest wykazanie, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, iż dostawa wiązała się z przestępstwem w zakresie podatku. Organy podatkowe nie mogą jednakże w sposób generalny wymagać od podatnika sprawdzania, czy jego dostawca dysponuje towarami i jest w stanie je dostarczyć. Nie można również wymagać od podatnika weryfikowania, czy jego dostawca wywiązuje się z obowiązku składania deklaracji i zapłaty podatku VAT.
Podatnik, który chce odliczyć VAT nie musi badać, czy wystawca faktury za towary lub usługi, których odliczenie ma dotyczyć, dysponuje danymi towarami i jest w stanie je dostarczyć oraz czy wywiązuje się z obowiązku złożenia deklaracji i zapłaty podatku VAT. Trybunał Sprawiedliwości UE wydał 22 października 2015 r. wyrok, zgodnie z którym nie można odmówić prawa do odliczenia VAT, jeśli była dostawa, a tylko nie da się ustalić, kto był sprzedawcą. Urzędnicy musieliby wykazać, że kupujący faktycznie nie dochował należytej staranności.