Pracownicy otrzymują od swoich pracodawców różnego rodzaju świadczenia. Na sposób rozliczenia VAT z tego tytułu wpływa m.in. to, czy obowiązek spełnienia danego świadczenia wynika z odrębnych przepisów (głównie prawa pracy), czy też jest to świadczenie wynikające z dobrej woli pracodawcy. Nie bez znaczenia, dla właściwego rozliczenia podatku od świadczeń dokonanych na rzecz pracowników, jest również źródło finansowania wydatków. Mimo że przepisy w tym zakresie od dawna nie uległy zmianie, organy podatkowe często zmieniają swoje stanowiska na temat rozliczenia tych świadczeń.
18 stycznia 2017 r. Trybunał Sprawiedliwości UE wydał wyrok, w którym orzekł, że kwoty, jakie otrzymują artyści i wydawcy z tytułu opłat reprograficznych, nie podlegają opodatkowaniu podatkiem VAT. Zdaniem Janiny Fornalik, partnera w firmie doradczej MDDP skutki tego wyroku mogą być skomplikowane. Niektórzy podatnicy będą mogli odzyskać VAT, ale niektórzy będą musieli zwrócić wcześniej odliczony VAT.
W sytuacji, gdy przedmiotem wkładu do spółki będzie zorganizowana część przedsiębiorstwa, spółka powinna określić wartość początkową nabytych, nieamortyzowanych składników majątkowych, w wysokości wartości początkowej, określonej w ewidencji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych u zbywcy. Kosztem uzyskania przychodów ze zbycia nieamortyzowanych składników majątkowych będzie wartość początkowa, określona w ewidencji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych zbywcy.
Na podatniku, który dokonuje zaliczenia danego wydatku do kosztów uzyskania przychodów, ciąży obowiązek udowodnienia, iż wydatek ten został faktycznie poniesiony, a także że jest celowy i racjonalny z punktu widzenia prowadzonego obszaru działalności. W związku z powyższym, konieczne jest prawidłowe oraz rzetelne gromadzenie dowodów dokumentujących poniesienie kosztu. Z uwagi na regulacje wynikające z przepisów Ordynacji podatkowej, dowody dokumentujące poniesienie kosztu mającego wpływ na wysokość dochodu podlegającego opodatkowaniu powinny być przechowywane przez okres 5 lat (który liczony jest od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności).
Przedsiębiorcy, którzy rozliczają się z kontrahentami w formie gotówkowej muszą wiedzieć, że od 1 stycznia 2017 roku limit transakcji, które można przeprowadzać bez korzystania z rachunku płatniczego (np. rachunku bankowego), zostanie zmniejszony z obecnych 15 tys. euro do 15 tys. złotych. Przekroczenie tego limitu skutkuje brakiem możliwości zaliczenia takiego "gotówkowego" wydatku do kosztów uzyskania przychodów. Natomiast nadal będzie możliwe regulowanie zobowiązań, także w kwocie przekraczającej 15 tys. zł w drodze kompensaty, nettingu lub stosowanie transakcji barterowych, albo innych niż płatność form regulowania zobowiązania, bez sankcji w postaci braku możliwości zaliczenia takich wydatków do kosztów uzyskania przychodu.
Podatnik VAT, który prowadzi działalność mieszaną inaczej odlicza VAT z faktur dokumentujących jego zakupy, w sytuacji gdy tego, co kupuje, używa zarówno do czynności opodatkowanych, jak i do zwolnionych. Dotyczy to przykładowo faktur za internet, czy usługi księgowe.
Wydatki na zakup pakietów medycznych, które następnie udostępniane są pracownikom, mogą stanowić koszty uzyskania przychodów, także w części przypadającej na członków rodzin pracowników, gdyż spełniają przesłanki wynikające z art. 15 ust. 1 ustawy o CIT, a przy tym nie zostały wymienione w katalogu z art. 16 ust. 1 tej ustawy.