Zdaniem sądu administracyjnego nie powinno się odmawiać podatnikowi prawa do odliczenia VAT nie tylko wtedy, gdy nieprawidłowości dotyczą wcześniejszej lub późniejszej transakcji, ale nawet wtedy, gdy dotyczą one bezpośrednio transakcji zakupu zawartej przez tego podatnika, czyli tej transakcji, której dotyczy podatek naliczony do odliczenia, pod warunkiem jednak, że na podstawie obiektywnych przesłanek nie da się stwierdzić, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, że zawierana przez niego transakcja zakupu wiązała się z przestępstwem popełnionym przez wystawcę faktury.
Niektóre wydatki na zakup usług niematerialnych od podmiotów powiązanych podlegają limitowaniu w kosztach uzyskania przychodu na gruncie podatku CIT. Do takich wydatków zalicza się usługi doradcze, reklamowe, zarządzania i kontroli, przetwarzania danych, ubezpieczeń, gwarancji i poręczeń, badania rynku oraz świadczenia o podobnym charakterze.
Złożenie tzw. czynnego żalu pozwala uniknąć kary za przestępstwo lub wykroczenie skarbowe i jest rozwiązaniem często stosowanym, ale wielu zainteresowanych robi to nieprawidłowo. Nie brakuje osób, które o popełnionych czynach zawiadamiają poprzez ePUAP lub za pomocą e-maila. Ale urzędnicy uznają tę formę za nieskuteczną. Zawiadomienie należy złożyć na piśmie lub ustnie do protokołu. Jednak eksperci podkreślają, że czynny żal jest potrzebny zarówno z punktu widzenia podatników, jak również organów skarbowych. Dlatego w obopólnym interesie warto pomyśleć o tym, żeby szerzej dopuścić zgłaszanie tego typu spraw przez elektroniczne narzędzia.