W postępowaniu podatkowym za dowód może zostać uznane wszystko, co przyczynia się do wyjaśnienia sprawy, a nie jest sprzeczne z prawem, w tym przede wszystkim księgi podatkowe, deklaracje, opinie biegłych, informacje podatkowe oraz inne zgromadzone dokumenty. Pod uwagę brany jest również dowód z zeznań świadka. Jakie czynności musi podjąć organ podatkowy, aby nie doszło do uchybienia w toku przesłuchania?
Od momentu akcesji Rzeczypospolitej Polskiej do Unii Europejskiej, czyli od 1 maja 2004 r., Polska zobowiązana jest przestrzegać prawa unijnego. Oznacza to, że przepisy krajowe powinny być interpretowane z uwzględnieniem uregulowań wspólnotowych i orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. W zakresie podatku od towarów i usług, interpretacja ta, powinna uwzględniać głównie Dyrektywy 112/2006/WE (w odniesieniu do stanu prawnego z 2011) oraz orzecznictwo TSUE, odnoszące się do tego aktu. Nie jest jednak tajemnicą, że w praktyce polskie organy podatkowe miewają duże trudności z wdrożeniem tych zasad w swojej działalności.
Problem ten dotyczy dowodów znajdujących się w posiadaniu podatnika. Przez dowód należy rozumień wszystko, co może przyczynić się do wyjaśnienia sprawy, a nie jest sprzeczne z prawem (art. 180 §1 Ordynacji podatkowej, Dz.U. 1997 nr 137 poz. 926 ze zm.) W szczególności będą to więc księgi podatkowe, złożone przez podatnika deklaracje, wystawione lub otrzymane faktury, potwierdzenia dokonania przelewów, wyjaśnienia etc.
Firma dokonująca zakupu samochodu, który będzie wykorzystywany wyłącznie w celach gospodarczych musi prowadzić ewidencję przebiegu pojazdu, ustalić regulamin wewnętrzny zakazujący korzystania z pojazdu w celach prywatnych oraz złożyć w terminie VAT-26. Dopiero po dokonaniu tych czynności może odliczyć 100% VAT. W przypadku natomiast, gdy nie dotrzyma terminu złożenia informacji VAT-26, poda informacje niezgodne ze stanem rzeczywistym lub dokona odliczenia niezgodnego z przepisami, podlega stosownej karze na gruncie Kodeksu karnego skarbowego.
Podatnicy, którym grozi odpowiedzialność karna skarbowa, mogą się od niej uwolnić, składając tzw. czynny żal. Czynny żal to zawiadomienie właściwego organu o popełnieniu przestępstwa lub wykroczenia skarbowego. Złożony prawidłowo, uwalnia od kary za nie. Jeżeli zatem podatnik np. nie złoży w terminie deklaracji podatkowej, to przekazanie czynnego żalu do urzędu skarbowego uchroni go przed zapłatą kary finansowej.
Trybunał Konstytucyjny uznał, że pociągnięcie do odpowiedzialności za przestępstwo skarbowe, na podstawie art. 62 § 2 k.k.s., osoby fizycznej, wobec której, za ten sam czyn, tj. wystawienie nierzetelnej (fikcyjnej) faktury, zastosowano obowiązek zapłaty podatku na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, nie stanowi naruszenia zasady ne bis in idem, czyli zakazu podwójnego karania.
W przypadku wątpliwości co do przepisu podatkowego, urząd, wydając decyzję, także sąd wydając wyrok, będą miały obowiązek orzec na korzyść podatnika - takie rozwiązanie zakłada projekt noweli Ordynacji podatkowej podpisany i skierowany do Sejmu przez prezydenta. W projekcie zaproponowano także zmiany, które mają dać podatnikowi pewność, że administracja podatkowa nie będzie prowadzić spraw w nieskończoność.
Sąd Najwyższy w dniu 18 grudnia 2013 r. podjął uchwałę w składzie siedmiu sędziów (sygn. akt I KZP 19/13), w której stwierdził, że przedmiotem czynności przestępstwa określonego w art. 299 § 1 k.k. są wymienione w tym przepisie "środki płatnicze, instrumenty finansowe, papiery wartościowe, wartości dewizowe, prawa majątkowe lub inne mienie ruchome lub nieruchomości" pochodzące bezpośrednio lub pośrednio z popełnienia czynu zabronionego: sprawcą przestępstwa może być również sprawca czynu zabronionego, w tym oszustwa, z którego popełnieniem związana jest korzyść w postaci odliczenia lub zwrotu podatku od towarów i usług.
