Organy podatkowe mają obowiązek kontrolować m.in. czy podatnicy nie zawyżają kosztów uzyskania przychodu, a tym samym, czy celowo nie zmniejszają podstawy opodatkowania. W przypadku stwierdzenia nieprawidłowości podatnik ma prawo do złożenia korekty (deklaracji, zeznania podatkowego), a jeżeli korekta nie zostanie złożona, organ wyda decyzję wymiarową w postępowaniu podatkowym.
Zgodnie art. 15 ust. 2 - 2a ustawy CIT, zasady proporcjonalnej alokacji kosztów uzyskania przychodów nie będą miały zastosowania do przychodów uzyskanych z dywidend od spółek zależnych. Przepisy art. 15 ust. 2 - 2a ustawy CIT mają zastosowanie w sytuacji, gdy podstawą opodatkowania jest dochód, natomiast w myśl art. 22 ustawy CIT podstawą opodatkowania podatkiem dochodowym w przypadku dywidend jest przychód. Oznacza to, że przychody z tytułu dywidend otrzymanych od spółek zależnych nie powinny być ujęte ani wśród „przychodów ze źródeł, z których dochody podlegają opodatkowaniu podatkiem dochodowym” lub „przychodów ze źródeł, z których dochody nie podlegają opodatkowaniu podatkiem dochodowym lub są zwolnione z podatku dochodowego” (w liczniku proporcji), ani w „ogólnej kwocie przychodów” (w mianowniku proporcji).
Urzędy skarbowe z reguły nie kwestionują zaliczanie do kosztów uzyskania przychodów wydatków na leasing klimatyzatora montowanego w siedzibie firmy, czy pomieszczeniach, gdzie jest wykonywana działalność gospodarcza. Jednak w sytuacji, gdy siedzibą podatnika lub pomieszczeniami, gdzie jest wykonywana działalność jest mieszkanie, czy dom podatnika mogą pojawić się wątpliwości. Nie można bowiem zaliczyć do kosztów podatkowych wydatków poniesionych w celach osobistych.
Zgodnie z ustawą o CIT podatnicy są obowiązani wyłączyć z kosztów uzyskania przychodów koszty usług niematerialnych (m.in. doradczych, badania rynku, usług reklamowych, zarządzania, ubezpieczeń) poniesione bezpośrednio lub pośrednio na rzecz podmiotów powiązanych lub podmiotów mających miejsce zamieszkania, siedzibę lub zarząd na terytorium lub w kraju, w części, w jakiej koszty te łącznie w roku podatkowym przekraczają ustawowy limit.
Już z początkiem września 2019 roku rząd utworzy ogólnodostępną bazę wszystkich podatników VAT, która ma być aktualizowana w każdy dzień roboczy. W bazie znajdą się takie dane, jak numery rachunków bankowych wszystkich przedsiębiorców, nazwa firmy lub imię i nazwisko, NIP, REGON, PESEL (którego publikacja może budzić szczególne wątpliwości), adres siedziby, imiona i nazwiska osób reprezentujących podmiot, jak również numery NIP i PESEL tych osób, data rejestracji, odmowy rejestracji albo wykreślenia z rejestru jako podatnika VAT, numery rachunków bankowych wskazanych w zgłoszeniu identyfikacyjnym.
Kosztów uzyskania przychodów nie będą stanowić wydatki związane z udziałem w spotkaniach integracyjnych doradców podatkowych, jak i prawników (radców prawnych i adwokatów), w czasie których odbywać się będą, np. wspólne zwiedzanie określonego obiektu, czy miejscowości, zajęcia sportowe, wspólne posiłki, gry i konkursy, aukcje charytatywne, gry miejskie, zawody sportowe, wspólne dyskusje.
Z przeprowadzonych badań wynik, że zdecydowana większość mikroprzedsiębiorców, bo aż 94%, deklarowała, że wprowadzone w ubiegłym roku zmiany prawne nie wywarły wpływu na prowadzenie przez nich działalności. A czy nowe rozwiązania dostępne od 2019 r., takie jak ZUS od przychodu lub rozliczanie wynagrodzenia współmałżonka w kosztach działalności, ułatwią życie przedsiębiorcom?
Opłata administracyjna, która nie ma przypisanego okresu obowiązywania, może być zaliczana jednorazowo do kosztów uzyskania przychodów, a prowizja, jeśli dotyczy okresu przekraczającego rok podatkowy, może być rozliczana proporcjonalnie do długości okresu, którego dotyczy umowa gwarancyjna.