Organy podatkowe, w ramach postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej, chcąc sprawdzić autentyczność transakcji podatnika przeprowadzają tzw. kontrolę krzyżową (czynności sprawdzające). Kontrola tego rodzaju do niedawna mogła być przeprowadzona jedynie u bezpośredniego kontrahenta podatnika, tj. u sprzedawcy, od którego podatnik kupił towar lub usługę albo u nabywcy, któremu podatnik sprzedał towar lub usługę.
Ministerstwo Finansów informuje, że monitorując handel internetowy stwierdziło (zwłaszcza na popularnych platformach aukcyjnych) rozpowszechnioną praktykę stosowania procedury VAT-marża, przy obrocie nowymi towarami. Dotyczy to przede wszystkim towarów z kategorii elektroniki, a zwłaszcza telefonów komórkowych oraz tabletów. Ministerstwo ostrzega przed konsekwencjami tej praktyki, bowiem procedura VAT-marża nie może być stosowana do dostaw towarów nowych. Podatnicy, u których stwierdzono tą praktykę mogą się spodziewać specjalnych powiadomień z MF drogą mailową lub SMS-em.
W związku ze zmianą przepisów ustawy o VAT od dnia 1 lipca 2017 r. w zakresie zwolnienia od podatku usług finansowych, Minister Rozwoju i Finansów wydał interpretację ogólną, w której przedstawił zasady, według których usługi polegające na kompleksowej obsłudze realizacji transakcji płatniczych dokonywanych przy pomocy kart płatniczych, wykonywane przez organizacje płatnicze oraz agentów rozliczeniowych, powinny być kwalifikowane jako usługi zwolnione od podatku VAT.