Podatników obowiązuje zasada, że mogą odliczać VAT od zakupów, które są związane ze sprzedażą opodatkowaną. Zasada ta nie uległa zmianie. Ustawodawca wprowadził natomiast do ustawy o VAT, obok funkcjonującej od dawna proporcji, tzw. preproporcję, która pozwala ustalić, jaka część VAT naliczonego jest związana ze sprzedażą podlegającą VAT, gdy podatnik wykonuje również czynności, które nie stanowią działalności według ustawy o VAT. Dla podatników jest to nowość.
Pacjent uprawniony do świadczeń zdrowotnych w Polsce będzie mógł jeszcze w 2014 r. otrzymać zwrot kosztów leczenia w innym państwie UE, także w przypadku zabiegów wykonanych przed wejściem w życie ustawy wprowadzającej tzw. dyrektywę transgraniczną. Pacjent, który skorzystał z odpłatnych świadczeń zdrowotnych w UE (poza granicami Polski), aby otrzymać zwrot poniesionych kosztów będzie musiał zwrócić się z wnioskiem do właściwego oddziału wojewódzkiego NFZ. Podstawą do zwrotu będzie rachunek wystawiony przez zagraniczny podmiot wykonujący działalność leczniczą, a także skierowanie, recepta lub zlecenie (na wyroby medyczne).