Organy skarbowe często nie pozwalają na zaliczenie do kosztów podatkowych kwot wydatkowanych z tytułu ugody, czy kary umownej za odstąpienie od realizacji umowy. Nawet jeżeli odstąpienie jest dla przedsiębiorcy per saldo korzystne.
W przypadku czasowego zaprzestania wynajmu lokalu koszty poniesione w tym okresie w związku z utrzymaniem tego lokalu mogą być uznane za koszty uzyskania przychodów. Ale podatnik powinien móc udowodnić, że poczynił starania dla pozyskania najemców, czyli nie zrezygnował z najmu i lokal nie służył zaspakajaniu własnych potrzeb (nie chodzi tu o potrzeby związane z prowadzoną działalnością gospodarczą).
Przekazywanie i zużywanie artykułów spożywczych, takich jak: kawa, herbata, soki, ciastka, na naradach i spotkaniach pracowników spółki, pracowników i przedstawicieli podmiotów z grupy kapitałowej, pracowników z przedstawicielami firm doradczych, zarządu spółki z członkami rady nadzorczej i przedstawicielami związków zawodowych, artykułów spożywczych na potrzeby sekretariatu firmy, nie podlega opodatkowaniu VAT.
W Polsce od wielu lat panuje jednolita interpretacja (zarówno organów podatkowych, jak i sądów), że wydanie bonów towarowych nie podlega VAT, bo nie jest to ani sprzedaż towaru ani świadczenie usług. Jednak niedawny wyrok Trybunału Sprawiedliwości UE w sprawie C‑40/09 (Astra Zeneca UK Ltd) zrodził wątpliwości w tej, wydawałoby się, wyjaśnionej już kwestii.
Minister Finansów podpisał zapowiadane wcześniej rozporządzenie dopuszczającego przesyłanie faktur w dowolnej formie elektronicznej (np. mailem). Od 2011 roku pojawią się zatem przepisy, które usankcjonują prawnie
praktykę dopuszczoną już wcześniej przez NSA i przepisy unijne.