Podatników obowiązuje zasada, że mogą odliczać VAT od zakupów, które są związane ze sprzedażą opodatkowaną. Zasada ta nie uległa zmianie. Ustawodawca wprowadził natomiast do ustawy o VAT, obok funkcjonującej od dawna proporcji, tzw. preproporcję, która pozwala ustalić, jaka część VAT naliczonego jest związana ze sprzedażą podlegającą VAT, gdy podatnik wykonuje również czynności, które nie stanowią działalności według ustawy o VAT. Dla podatników jest to nowość.
Organy podatkowe nie powinny wydawać decyzji odmawiającej odliczenia VAT jedynie wykazując, że dostawca podatnika był podmiotem nieistniejącym. Konieczne jest wykazanie, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, iż dostawa wiązała się z przestępstwem w zakresie podatku. Organy podatkowe nie mogą jednakże w sposób generalny wymagać od podatnika sprawdzania, czy jego dostawca dysponuje towarami i jest w stanie je dostarczyć. Nie można również wymagać od podatnika weryfikowania, czy jego dostawca wywiązuje się z obowiązku składania deklaracji i zapłaty podatku VAT.
Podatnik, który chce odliczyć VAT nie musi badać, czy wystawca faktury za towary lub usługi, których odliczenie ma dotyczyć, dysponuje danymi towarami i jest w stanie je dostarczyć oraz czy wywiązuje się z obowiązku złożenia deklaracji i zapłaty podatku VAT. Trybunał Sprawiedliwości UE wydał 22 października 2015 r. wyrok, zgodnie z którym nie można odmówić prawa do odliczenia VAT, jeśli była dostawa, a tylko nie da się ustalić, kto był sprzedawcą. Urzędnicy musieliby wykazać, że kupujący faktycznie nie dochował należytej staranności.
Z perspektywy interesów Skarbu Państwa, za najbardziej szkodliwy rodzaj oszustw podatkowych uznać należy wyłudzenia zwrotów podatku od towarów i usług. O ile bowiem np. zatajenie przed fiskusem osiągniętego w danym okresie rozliczeniowym dochodu wiąże się jedynie z uszczupleniem dochodów budżetowych państwa, podkreślić należy, iż wyłudzenie podatku VAT dodatkowo te dochody zmniejsza. Nie dość bowiem, że oszust podatkowy nie uiszcza należnej daniny, to jeszcze uzyskuje od Skarbu Państwa środki, które mu się faktycznie nie należą. Korzyści związane z tego typu działalnością przestępczą znajdują więc swoje źródła w budżecie państwa, a każda kwota wyłudzona przez oszustów wiąże się ze zmniejszeniem środków przekazywanych przez państwo na inne, społecznie istotne cele. Na oszustach vatowskich tracimy więc wszyscy.
Ustawa o VAT zabrania odliczania podatku naliczonego przy nabyciu m.in. bonów towarowych, usług noclegowych i gastronomicznych, usług finansowych, czy usług, które nie zostały wykonane. Ponadto odpowiadamy na pytania czy można odliczyć VAT: z faktury za odszkodowanie, od zaliczki zapłaconej za niezabudowaną działkę, z faktur z okresu przed rejestracją do VAT, a także czy organizacja pożytku publicznego może odliczyć VAT.