Na gruncie podatku VAT dla usług turystyki wprowadzona została szczególna procedura, która umożliwić ma opodatkowanie takich usług w sposób najbardziej odpowiadający specyfice branży turystycznej. Jest to tzw. procedura marży, co oznacza, że podstawę opodatkowania stanowi marża rozumiana jako różnica pomiędzy całkowitą ceną usługi, a kosztami poniesionymi przez podatnika dla bezpośredniej korzyści turysty, a zatem przykładowo kosztami usług transportowych, czy noclegowych zakupionych w celu organizacji imprezy turystycznej. Specyfika branży turystycznej sprawia, że nie zawsze owa marża będzie wyrażała wartość dodatnią. Kwestię problematyczną w wielu przypadkach stanowi możliwość uwzględniania tego typu straty w rozliczeniach podatkowych. Pomimo dość ugruntowanego stanowiska wyrażanego w tej kwestii przez judykaturę, temat rozliczania marży ujemnej przez przedstawicieli branży turystycznej zdaje się ciągle budzić kontrowersje wśród organów podatkowych.
Od 1 lipca 2015 r. przedsiębiorcy, którzy użytkują samochody osobowe w ramach tzw. użytku mieszanego, mają prawo do odliczenia 50% VAT od paliwa. Wydarzenie to skądinąd istotne, bo od początku obowiązywania przepisów VAT w Polsce, czyli od 1993 r. (nie cofając się wcześniej do podatku obrotowego), po raz pierwszy firmy uzyskują prawo do odliczenia co najmniej części podatku VAT od paliwa do samochodu osobowego.
Organy podatkowe mają do dyspozycji szereg różnych instrumentów w celu sprawdzenia zasadności zwrotu podatku VAT. Dodatkowo, w myśl art. 273 dyrektywy 2006/112/WE, poza obowiązkami wymienionymi w tytule XI-tej dyrektywy, mogą nakładać inne obowiązki, jakie uznają za niezbędne dla zapewnienia prawidłowego poboru VAT i zapobieżenia oszustwom podatkowym. Zapominają przy tym jednak, że z tej samej dyrektywy wynika, iż sama weryfikacja prawidłowości rozliczeń musi odbywać się w ramach procedur, przewidzianych prawem krajowym.
Od momentu akcesji Rzeczypospolitej Polskiej do Unii Europejskiej, czyli od 1 maja 2004 r., Polska zobowiązana jest przestrzegać prawa unijnego. Oznacza to, że przepisy krajowe powinny być interpretowane z uwzględnieniem uregulowań wspólnotowych i orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. W zakresie podatku od towarów i usług, interpretacja ta, powinna uwzględniać głównie Dyrektywy 112/2006/WE (w odniesieniu do stanu prawnego z 2011) oraz orzecznictwo TSUE, odnoszące się do tego aktu. Nie jest jednak tajemnicą, że w praktyce polskie organy podatkowe miewają duże trudności z wdrożeniem tych zasad w swojej działalności.
Ministerstwo Finansów zapowiada, że po 20 czerwca będzie w stanie udostępnić nową usługę elektroniczną, tj. możliwość weryfikacji kontrahenta zarejestrowanego w zakresie podatku VAT. Zdaniem MF zapewni to bezpieczeństwo transakcji, bo podatnik będzie wiedział, że ma do czynienia z zarejestrowanym kontrahentem, zwiększy też pewność płacenia podatków.
