JPK_VAT, Faktura VAT

Komentując jedną z najnowszych interpretacji indywidualnych Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej, prof. dr hab. Witold Modzelewski przypomina, że w aktualnym stanie prawnym są trzy postacie faktury (papierowa, elektroniczna i ustrukturyzowana). Każda z nich jest ważna i zgodna z prawem: nawet w przypadku, gdy jest obowiązek nadania jej postaci ustrukturyzowanej, nie ma zakazu wystawienia też z tego tytułu jej w postaci papierowej lub elektronicznej. Jeżeli każda z tych postaci faktury podaje dane zgodne z rzeczywistością, to nie ma do nich zastosowania art. 108 ust. 1 ustawy o VAT. Czyli nie jest prawdą - jak twierdzi Dyrektor KIS - że każda z tych postaci może powodować obowiązek zapłaty podatku wynikający z ww. przepisu.

Pierwsze 100 dni funkcjonowania obowiązkowego modelu Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) ujawniło różnice między rzeczywistością a przygotowaniem przedsiębiorców, księgowych oraz biur rachunkowych. Pojawiły się zarówno krytyczne jak i pozytywne głosy odnośnie tej rewolucyjnej zmiany systemu fakturowania. Opinie na temat KSeF, wnioski i największe z nim problemy prezentuje raport przygotowany przez przez firmę Symfonia we współpracy ze Stowarzyszeniem Księgowych w Polsce opublikowany na początku lipca 2026 r. Raport powstał na podstawie badania opinii przeprowadzonego wśród 452 praktyków finansowo-księgowych w maju i czerwcu 2026 roku.

Od 1 lutego 2026 roku obowiązkowy KSeF stał się rzeczywistością dla dużych firm, a od 1 kwietnia - dla zdecydowanej większości polskich przedsiębiorców. Kiedy system odrzuca dokument, problem rzadko bywa „awarią systemu”. Częściej to efekt nieuporządkowanych procesów i słabej higieny danych. Ministerstwo Finansów publikuje komunikaty techniczne i tryby awaryjne, ale to nie zastąpi poprawnej struktury XML, właściwych uprawnień i procedur wewnętrznych.

Przepisy ustawy o VAT dopuszczają wystawienie faktury ustrukturyzowanej w KSeF w innym modelu niż online w określonych trybach, jednak nie rozstrzygają wprost, jaki dokument w tym czasie powinien otrzymać nabywca. Kluczowe znaczenie ma nadanie fakturze numeru KSeF, od którego według resortu finansów zależy możliwość przekazania jej wizualizacji. W przeciwnym razie sprzedawca przekazuje jedynie potwierdzenie transakcji, które nie jest fakturą i nie uprawnia do odliczenia VAT. Potwierdzenie transakcji wydawane, gdy nie można wystawić wizualizacji faktury, choć na pierwszy rzut oka może wydawać się dokumentem pomocniczym, w praktyce pełni istotną rolę.

Wystawienie faktury ustrukturyzowanej w KSeF, jest czynnością techniczną nie rodzącą co do zasady jakichkolwiek stosunków prawnych (ani publicznych ani prywatnych) w relacjach inter pares (tj. między stronami) – pisze prof. dr hab. Witold Modzelewski. I radzi, by nie używać poza KSeF (nie „ ściągać”) elektronicznych wersji obcych faktur ustrukturyzowanych.

Wokół obowiązkowego korzystania z systemu KSeF oraz jego wpływu na moment odliczenia VAT i rozliczenia w JPK_V7 pojawiły się istotne wątpliwości podatników. Szczególnie problematyczne stały się sytuacje, w których te same faktury funkcjonują jednocześnie poza systemem (papierowo lub e-mailem) oraz w KSeF.

Profesor Witold Modzelewski wskazuje sześć najważniejszych poprawek Krajowego Systemu e-Faktur, które trzeba jak najszybciej uchwalić. Zdaniem Profesora zmiany te powinny być wprowadzone w ustawie o VAT od 1 lipca 2026 r. z możliwością ich zastosowania wstecznego od 1 lutego 2026 r.

Zgodnie z przewidywaniami (pisałem o tym wielokrotnie) obowiązkowe wystawianie faktur ustrukturyzowanych w KSeF prowadzi do dezorganizacji rozliczeń pieniężnych w obrocie towarowym i usługowym.

KSeF zmienił polski biznes bardziej, niż wielu się spodziewało. Po pierwszym miesiącu działania systemu przedsiębiorcy alarmują o chaosie organizacyjnym, problemach z uprawnieniami i podwójnym księgowaniem faktur. Eksperci, księgowi i dostawcy ERP ujawniają, gdzie firmy popełniają największe błędy i dlaczego e-fakturowanie stało się testem dojrzałości całych organizacji.

Prof. dr hab. Witold Modzelewski wskazuje dwa najważniejsze przepisy dot. obowiązkowego KSeF: art. 106ba oraz art. 106gb ust. 4 pkt 5 ustawy o VAT. I wyjaśnia ich treść normatywną oraz znaczenie w praktyce.

W 2026 r. większość podatników VAT jest zobowiązana do wystawiania i otrzymywania faktur ustrukturyzowanych za pośrednictwem KSeF. Przy fakturach zarówno sprzedażowych, jak i zakupowych kluczowe jest, by dokumenty te były rzetelne. Błędy mogą pozbawić prawa do odliczenia VAT, a w skrajnych przypadkach skutkować odpowiedzialnością karną. Mimo automatyzacji KSeF nie chroni przed nierzetelnością – publikacja wskazuje, jak jej unikać i jakie grożą konsekwencje.

Zmiana stanowiska Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej w zakresie zasad korygowania faktur ustrukturyzowanych w KSeF będąca konsekwencją wniesionej skargi na pierwotną interpretację sygn.. 0113-KDIPT1-3.4012.1091.2025.1.JM stanowi istotny przykład ewolucji wykładni przepisów w odpowiedzi na praktyczne problemy podatników.

Faktura wystawiona w KSeF na żądanie konsumenta, czy rolnika ryczałtowego do transakcji zaewidencjonowanej na kasie fiskalnej powinna być oznaczona w ewidencji VAT symbolem „FP”. Na podstawie art. 109 ust. 3d ustawy o VAT, ujęcie faktury wystawionej do paragonu strukturze JPK_VAT z deklaracją ma jedynie charakter ewidencyjny, faktura nie jest uwzględniana w strukturze wartościowo (nie zwiększa przychodu oraz podatku należnego wykazywanego w deklaracji), ponieważ obrót z tytułu tej transakcji jest wykazany na podstawie okresowego raportu z kasy rejestrującej oznaczonego symbolem RO. Takie oznaczenie faktur, w opisanych okolicznościach, nie spowoduje, że podatnik wystawiający taką fakturę zapłaci od tej samej transakcji podatku należnego w podwójnej wysokości. Tak odpowiedział na pytanie podatnika Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej w interpretacji z 20 marca 2026 r.

Chaos i dezinformacja niepodzielnie rządzą oficjalnym i półoficjalnym przekazem na temat KSeF. Co najmniej raz w tygodniu jesteśmy zaskakiwani nowymi „wynalazkami” w tym zakresie, które nie mają jakiejkolwiek podstawy prawnej lub są wprost sprzeczne z porządkiem prawnym, w tym zwłaszcza z przepisami o VAT – pisze prof. dr hab. Witold Modzelewski.

W komunikacie z 31 marca 2026 r. (w przeddzień objęcia obowiązkowym systemem KSeF większości podatników VAT) Ministerstwo Finansów udzieliło wyjaśnień jak zalogować się do KSeF, wystawiać i odbierać faktury oraz jak korzystać z najważniejszych funkcji tego systemu fakturowania w codziennej działalności gospodarczej.

Wraz z wejściem powszechnego Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) pojawiają się pierwsze realne wątpliwości przedsiębiorców, które nie wynikają z teorii, ale z codzienności. Jednym z najczęstszych problemów jest sytuacja, w której nabywca otrzymuje fakturę poza KSeF, a dokument dopiero po czasie trafia do systemu. Kiedy wówczas przysługuje odliczenie VAT?

W ustawie o VAT są dwa przepisy, które pozwalają zmusić dostawcę do fakturowania po staremu. Są to art. 106ba i 106gb ust. 4 pkt 5: do podania NIP wystawcy faktury obowiązani są nabywcy, którzy „posługują się tym numerem dla potrzeb danej czynności”. Jeżeli tak nie jest, zgodnie z drugim z tych przepisów wystawca faktury musi „uzgodnić udostępnienie tej faktury” poza KSeF, czyli faktycznie wystawi ją po staremu. Błędy tego systemu są jego jedyną (?) zaletą – pisze prof. dr hab. Witold Modzelewski.

W Krajowym Systemie e-Faktur (KSeF) problem, „kto widzi jakie faktury”, przestaje być kwestią czysto organizacyjną, a staje się kwestią techniczno-prawną. KSeF jest systemem scentralizowanym, a podstawowym identyfikatorem podatnika jest NIP. To oznacza, że w modelu „standardowym” (bez dodatkowych mechanizmów) osoby uprawnione do działania w imieniu podatnika mają potencjalnie dostęp do pełnego zasobu jego faktur sprzedaży i zakupów. Dla małych firm bywa to akceptowalne. Dla organizacji z dużą liczbą oddziałów, zakładów, jednostek organizacyjnych (w tym jednostek podrzędnych JST), a nawet „wewnętrznych centrów rozliczeń” – to często scenariusz nie do przyjęcia. Aby ograniczyć dostęp do faktur lub mieć większą kontrolę nad zakupami, podatnik może nadać identyfikator wewnętrzny jednostki (IDWew) jednostkom organizacyjnym czy poszczególnym pracownikom.

NSA zaskoczył skarbówkę i potwierdził, że brak faktury nie musi automatycznie oznaczać utraty prawa do odliczenia podatku VAT. W wyroku z 13 lutego 2026 r. Naczelny Sąd Administracyjny przesądził, że inny dokument może zastąpić fakturę - o ile spełnione zostały materialne przesłanki odliczenia VAT. Liczą się więc fakty, a nie sam papier - chociaż oczywiście trzeba te fakty wykazać dowodowo.

Gdy pobraną z KSeF sfałszowaną lub tylko poświadczającą nieprawdę fakturę ktoś zaksięguje (zaliczy w koszty, odliczy podatek naliczony) popełni czyn zabroniony zagrożony karą. Nawet gdy zrobi to za niego „automatycznie” jego oprogramowanie. Kto popełni ten czyn? Na pewno ta osoba, która miała dostęp do KSeF i „ściągnęła” ten dokument – pisze prof. dr hab. Witold Modzelewski.

Polscy przedsiębiorcy znajdują się dziś pomiędzy dwiema kluczowymi datami wdrożenia Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF). Nowy obowiązek wkrótce stanie się codziennością dla firm w całym kraju. Tymczasem właściciele mikro-, małych i średnich przedsiębiorstw wciąż zadają jedno pytanie: czy jeśli wystawiam zaledwie jedną lub dwie faktury miesięcznie, również muszę korzystać z systemu? Wielu z nich zakłada, że nowe przepisy dotyczą wyłącznie dużych firm. To jeden z najczęstszych i najbardziej kosztownych błędów w interpretacji przepisów.

Praktyczny webinar „JPK_VAT a KSeF – oznaczenia i tryby działania” poprowadzi Patrycja Kubiesa, doradca podatkowy i ekspertka INFORAKADEMII. Wyjaśni m.in., jak tryby wystawiania faktur w KSeF wpływają na ich ujęcie w JPK_VAT. Każdy z uczestników webinaru może otrzymać imienny certyfikat oraz roczny nielimitowany dostęp do retransmisji wydarzenia wraz z materiałami dodatkowymi.

Otrzymywanie wirtualne, w dodatku z mocy prawa, prywatnego dokumentu (faktury VAT), w dodatku bez obowiązku lub możliwości zapoznania się z jego treścią, jest najważniejszym (choć nie jedynym) kuriozum KSeFu – pisze prof. dr hab. Witold Modzelewski.

Od 1 lutego 2026 r. rusza obowiązkowy KSeF. Od tej daty najwięksi podatnicy muszą wystawiać faktury VAT za pomocą tego systemu ale odbiorcy tych faktur również od tej daty powinni mieć dostęp do KSeF. Ministerstwo Finansów wyjaśniło w Podręczniku KSeF 2.0 (Cz. I) na czym polega uwierzytelnienie się w KSeF i jak to zrobić.

Czy faktura ustrukturyzowana wystawiona przy użyciu KSeF może zostać anulowana? Czy będzie to możliwe od 1 lutego 2026 r.? Zdaniem Tomasza Krywana, doradcy podatkowego faktur ustrukturyzowanych wystawionych przy użyciu KSeF nie można anulować. Anulowanie takich faktur oraz innych faktur przesłanych do KSeF nie będzie również możliwe od 1 lutego 2026 r.