Ministerstwo Finansów bardziej szczegółowo zbada, czy transakcje i zmiany organizacyjne w ramach jednej grupy mają uzasadnienie biznesowe, czy służą jedynie korzyści podatkowej. Najbardziej narażone na kontrolę są firmy, które dokonują transakcji z podmiotami zagranicznymi, w szczególności mającymi siedzibę lub zarząd w krajach, gdzie obowiązują niższe stawki podatkowe niż w Polsce.
Kiedy w księdze przychodów i rozchodów ująć fakturę na zakup materiałów lub towarów handlowych, jeżeli fakturę tę otrzymano wcześniej, niż ww. materiały/towary? Czy z dokonaniem wpisu należy poczekać do momentu otrzymania materiałów/towarów? W którym miesiącu zaliczyć wydatek do kosztów uzyskania przychodów – w miesiącu wystawienia faktury, czy otrzymania materiałów/towar (gdy miesiące te są inne)? Czy ma znaczenie, czy miesiąc, w którym wystawiono fakturę, jest już „zamknięty”? Powyższe rodzi wątpliwości zwłaszcza w związku z istniejącą od 1 stycznia 2014 r. możliwością wystawiania faktur 30 dni przed dokonaniem dostawy towarów.
Kiedy podatnik nie otrzyma zwrotu części kosztów zakupu pierwszej kasy fiskalnej? Zdaniem Ministerstwa Finansów, stanie się tak tylko wtedy, gdy nie poda do wiadomości urzędu skarbowego informacji na jaki rachunek zwrot ten ma być wykonany. Ponadto, jak zaznacza MF, urząd powinien być przez podatnika informowany na bieżąco, w sprawie wszelkich zmian dotyczących rachunków, którymi się posługuje.
Ministerstwo Finansów i Ministerstwo Gospodarki wystosowało list ostrzegawczy, który skierowany jest do wszystkich podatników VAT dokonujących obrotu towarami z branży elektronicznej. List ostrzegawczy, dotyczący oszustw w podatku VAT, ma charakter wyłącznie informacyjny, co oznacza, że nie jest źródłem praw i obowiązków.