W opinii Rzecznika Praw Obywatelskich przepisy, które służą do wszczynania postępowań karnoskarbowych w celu zawieszenia biegu przedawnienia zobowiązania podatkowego są niezgodne z Konstytucją. RPO przyłączył się do kolejnej skargi konstytucyjnej obywatela dotkniętego tymi przepisami Ordynacji podatkowej. Jeszcze w 2014 r. Rzecznik zaskarżył je do Trybunału Konstytucyjnego, wnosząc o stwierdzenie ich niekonstytucyjności, bp przepisy te powodują niepewność obywateli, którzy nie wiedzą, czy ich zobowiązania podatkowe wygasły.
Zobowiązania podatkowe, w tym również w zakresie VAT, przedawniają się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Jednak specyfika podatku VAT powoduje problemy z ustaleniem terminu przedawnienia, szczególnie gdy rozliczenie kończyło się kwotą zwrotu lub nadwyżką do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy, gdyż one też ulegają przedawnieniu. Ponadto nie można automatycznie przyjmować zawsze 5-letniego terminu, gdyż w praktyce ze względu na zawieszenie lub przerwanie często ulega on znacznemu wydłużeniu. Przedawnienie rozliczenia powoduje, że podatnik nie musi przechowywać już dokumentacji za ten okres, a organ nie może żądać zapłaty podatku i dokonywać kontroli rozliczenia. Podatnik nie może natomiast skorygować przedawnionego rozliczenia, wystąpić o zwrot czy nadpłatę za ten okres. Warto zatem wiedzieć, jak ustalać termin przedawnienia w VAT.
Zdaniem Rzecznika Praw Obywatelskich zasada demokratycznego państwa prawnego (określona w art. 2 Konstytucji RP) wymaga, aby zawieszenie biegu przedawnienia zobowiązania podatkowego miało swoje uzasadnienie w stanie faktycznym. Chodzi o to, aby odmiennie traktować podatników, którzy nie popełnili czynu zabronionego oraz tych, którzy takiego czynu się dopuścili. Niezgodne z Konstytucją (wg opinii RPO) są przepisy Ordynacji podatkowej, służące do wszczynania postępowań karnoskarbowych w celu zawieszenia biegu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Taki jest wniosek Rzecznika do Trybunału Konstytucyjnego w sprawie skargi konstytucyjnej obywatela dotkniętego tymi przepisami. Już w 2014 r. RPO zaskarżył te przepisy do TK, wnosząc o stwierdzenie ich niekonstytucyjności - dotąd TK nie wydał orzeczenia w tej sprawie. RPO uważa, że przepisy te skutkują niepewnością obywateli, którzy nie wiedzą, czy ich zobowiązania podatkowe wygasły.
Ministerstwo Sprawiedliwości zaproponowało zmiany w kodeksie karnym skarbowym. Wprowadzenie ich w życie oznaczałoby m.in. podwyższenie najniższych kar grzywny (z 10 do 20 stawek dziennych), wprowadzenie wyższych sankcji, rozszerzenie katalogu przypadków, kiedy możliwe jest orzeczenie zakazu prowadzenia określonej działalności, wydłużenie okresów przedawnienia karalności, a także wprowadzenie nowych przestępstw.
Zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem pięciu lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. W odniesieniu do podatku VAT instytucja przedawnienia ma zastosowanie do każdego z osobna rozliczenia, niezależnie od jego wyniku, tj. zarówno do rozliczeń, w których obowiązek podatkowy przekształcił się w zobowiązanie podatkowe, jak i w przypadku prawa do odliczenia.
Zgodnie z przepisami ordynacji podatkowej bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu, z dniem wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, o którym podatnik został zawiadomiony, jeżeli podejrzenie popełnienia przestępstwa lub wykroczenia wiąże się z niewykonaniem tego zobowiązania. Przy czym, żeby wszczęcie postępowania wywołało wskazany skutek, warunkiem koniecznym jest zawiadomienie o tym fakcie podatnika przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania.
Zbyt długi okres przedawnienia, bezzasadna podwyżka opłat za wydanie interpretacji, niejasne zasady współpracy z fiskusem – to tylko niektóre uwagi ministerstw, instytucji publicznych i organizacji. Krajowa Rada Doradców Podatkowych uznała wręcz, że projekt nowej ordynacji podatkowej, mimo właściwych założeń, „nie odpowiada aktualnym wyzwaniom i problemom związanym ze stosowaniem obecnych przepisów”.
Z przepisów podatkowych wynika, że zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem pięciu lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Okazuje się jednak, jak zauważa ekspert Grant Thornton, że organy podatkowe kwestionują podatek VAT z przeniesienia w wysokości zadeklarowanej w deklaracji za kolejny okres rozliczeniowy, mimo iż zobowiązanie uległo przedawnieniu.
Naczelny Sąd Administracyjny twierdzi konsekwentnie, że dla ustalenia, czy skutek decyzji w postaci określenia zobowiązania podatkowego nastąpił przed upływem terminu przedawnienia, istotna jest data doręczenia decyzji, a nie jej wydania. Niestety, organom podatkowym nadal zdarza się wydawać decyzje określające zobowiązanie podatkowe mimo upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.
Naczelny Sąd Administracyjny w uchwale (podjętej w składzie 7 sędziów) 18 czerwca 2018 r. (sygn. akt I FPS 1/18) orzekł, że zawiadomienie podatnika na podstawie art. 70c Ordynacji podatkowej informujące, że z określonym co do daty dniem, „na skutek przesłanki z art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej” nastąpiło zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego podatnika za wskazany okres rozliczeniowy, jest wystarczające do stwierdzenia, że nastąpiło zawieszenie biegu terminu przedawnienia tego zobowiązania na podstawie art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej.
26 lutego 2018 r. NSA wydał uchwałę (sygn. akt I FPS 5/17). Uchwałę ważną dla podatników, wobec których toczy się postępowanie egzekucyjne. Zgodnie z nią w przypadku przerwania biegu terminu przedawnienia na skutek zastosowania środka egzekucyjnego na podstawie ostatecznej decyzji określającej zobowiązanie podatkowe, która następnie została uchylona przez sąd, a sprawa przekazana do ponownego rozpoznania, skutek w postaci przerwania biegu terminu przedawnienia upada. W związku z tym dochodzi do sytuacji, w której nigdy de facto nie doszło do przerwania biegu terminu przedawnienia, a zatem zobowiązanie podatkowe przedawnia się na zasadach ogólnych (co do zasady 5 lat liczone od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku).