Jednostki organizacyjne samorządu terytorialnego, świadcząc odpłatne usługi, stają się podatnikami VAT. Jednak część usług wykonują nieodpłatnie, w ramach realizacji zadań publicznoprawnych. Rozdzieleniu dla potrzeb podatku VAT działalności w ramach tych dwóch sfer służy tzw. prewspółczynnik. Mimo że sama ustawa o VAT daje podatnikom możliwość dostosowania sposobu określenia proporcji, fiskus wymusza stosowanie metod określonych w akcie niższej rangi, jakim jest rozporządzenie.
Ministerstwo Finansów potwierdza dość absurdalną praktykę, zgodnie z którą sprzedaż (i instalacja) paneli oraz aparatury fotowoltaicznej osobom fizycznym na cele prywatne jest objęta stawką 8% VAT, jeżeli zostaną one zainstalowane na budynku mieszkalnym (np. na dachu domu). Natomiast jeżeli panele fotowoltaiczne (i towarzysząca im aparatura) zostaną posadowione obok budynku mieszkalnego (poza bryłą tego budynku), to stawka VAT wynosi 23%. Jednocześnie MF informuje w tym kontekście, że w resorcie trwają prace nad nową matrycą stawek VAT. Prace te mają na celu uproszczenie systemu stawek VAT, w tym m.in. eliminację istniejących niekonsekwencji i nieracjonalności w stawkach VAT (celem jest m.in. jednakowe opodatkowanie podobnych towarów/grup towarowych i usług).
To charakter usługi decyduje o tym, czy dana usługa została wykonana. W związku z tym, jeżeli strony określiły w umowie harmonogram wykonania usługi, jest ona wykonana, gdy wykonawca zgłosi dany etap usługi do odbioru, zaś moment akceptacji odbioru tej części usługi przez usługobiorcę nie ma znaczenia dla ukonstytuowania się obowiązku podatkowego.
Zdaniem Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej podatnik zachowuje prawo do odliczenia VAT, gdy prawo to powstało, nawet jeśli ów podatnik z przyczyn niezależnych od jego woli nie mógł wykorzystać towarów lub usług stanowiących podstawę odliczenia. W związku z tym do odmowy odliczenia nie wystarczy, aby nieruchomość pozostała niezajęta po rozwiązaniu umowy najmu, której była przedmiotem, z powodu okoliczności niezależnych od woli jej właściciela.