Podatników obowiązuje zasada, że mogą odliczać VAT od zakupów, które są związane ze sprzedażą opodatkowaną. Zasada ta nie uległa zmianie. Ustawodawca wprowadził natomiast do ustawy o VAT, obok funkcjonującej od dawna proporcji, tzw. preproporcję, która pozwala ustalić, jaka część VAT naliczonego jest związana ze sprzedażą podlegającą VAT, gdy podatnik wykonuje również czynności, które nie stanowią działalności według ustawy o VAT. Dla podatników jest to nowość.
Ministerstwo Finansów poinformowało, że z dniem 1 stycznia 2016 r. ulega zmianie podstawowa zasada określania właściwości organów podatkowych w zakresie podatku VAT. Właściwość organów podatkowych będzie co do zasady ustalana na ogólnych zasadach wynikających z Ordynacji podatkowej, tj. ze względu na siedzibę podatnika, jeżeli podatnik jest osoba prawną lub jednostką niemającą osobowości prawnej, oraz ze względu na miejsce zamieszkania, jeżeli podatnik jest osobą fizyczną.