Nie ulega wątpliwości, że budowle wybudowane na dzierżawionym gruncie, wykorzystywane do prowadzenia działalności gospodarczej, zasadniczo stanowią przedmiot opodatkowania podatkiem od nieruchomości. Trudność polega jednak na wskazaniu podmiotu, który jest zobowiązany do zapłaty podatku. Czy podatnikiem jest właściciel gruntu czy też może przedsiębiorca, który poniósł nakłady w związku ze wzniesieniem budowli?
Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej uznał niedawno, że jeśli uzyskanie od kontrahenta kopii faktury korygującej w rozsądnym terminie jest niemożliwe lub nadmiernie utrudnione, to podatnikowi nie można odmówić prawa do odliczenia VAT, jeśli wykaże on, że dana transakcja została w rzeczywistości zrealizowana na warunkach określonych w korekcie. Pojawiają się już pierwsze wyroki sądów polskich, uwzględniające wyrok Trybunału. Jednym z nich jest wyrok WSA we Wrocławiu.
W przypadku, gdy umowa dzierżawy gruntu zostanie zakończona wykupem gruntu przez dzierżawcę, to wartość wzniesionych przez niego na tym gruncie budynków, stanowiących jego nakład własny, nie wejdzie do podstawy opodatkowania VAT. W takich przypadkach, opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług będzie podlegać wyłącznie wartość gruntu. W odniesieniu do budynków nie występuje bowiem dostawa towaru.