Od momentu akcesji Rzeczypospolitej Polskiej do Unii Europejskiej, czyli od 1 maja 2004 r., Polska zobowiązana jest przestrzegać prawa unijnego. Oznacza to, że przepisy krajowe powinny być interpretowane z uwzględnieniem uregulowań wspólnotowych i orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. W zakresie podatku od towarów i usług, interpretacja ta, powinna uwzględniać głównie Dyrektywy 112/2006/WE (w odniesieniu do stanu prawnego z 2011) oraz orzecznictwo TSUE, odnoszące się do tego aktu. Nie jest jednak tajemnicą, że w praktyce polskie organy podatkowe miewają duże trudności z wdrożeniem tych zasad w swojej działalności.
Zbyt pośpiesznie wykreślono z ordynacji przepisy o odpowiedzialności odszkodowawczej za błąd organu podatkowego. Osoby, które nie są dobrze zorientowane w przepisach prawa, zwłaszcza cywilnego, mogą mieć duży problem z odzyskaniem pieniędzy - twierdzi Dorota Szubielska, radca prawny, partner w kancelarii Chadbourne & Parke.
Odnosząc się do ustanowionego w Ustawie o VAT dodatkowego kryterium stosowania obniżonej 8 % stawki VAT dla dostaw wyrobów ciastkarskich, [stwierdzić należy, że] polskie przepisy uzależniają prawo do obniżenia stawki od utrzymania okresu przydatności do spożycia nieprzekraczającego 45 dni, czego nie przewiduje Nomenklatura Scalona. Konsekwencją wprowadzenia takiego kryterium, jest dyskryminacja towarów względem towarów z państwa członkowskiego, w którym kryterium takiego nie wprowadzono.
Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej uznał w wyroku z 18 grudnia 2014 r. (sygn. C-639/13), że Polska, stosując obniżoną stawkę 8% VAT do dostaw towarów przeznaczonych na cele ochrony przeciwpożarowej, wymienionych w załączniku nr 3 do ustawy o VAT, naruszyła przepisy dyrektywy Rady 2006/112/WE. Dlatego w trakcie prac Komisji Sejmowej nad projektem ustawy zmieniającej VAT wprowadzono przepis uchylający możliwość stosowania obniżonej stawki. Stawka 23% na tego rodzaju sprzęt ma obowiązywać od 1 stycznia 2016 r. Zmiana będzie dotyczyć przede wszystkim gmin, które będą płacić podwyższony VAT przy zakupie, ale nie będą mogły go odliczyć.
W przypadku wątpliwości co do przepisu podatkowego, urząd, wydając decyzję, także sąd wydając wyrok, będą miały obowiązek orzec na korzyść podatnika - takie rozwiązanie zakłada projekt noweli Ordynacji podatkowej podpisany i skierowany do Sejmu przez prezydenta. W projekcie zaproponowano także zmiany, które mają dać podatnikowi pewność, że administracja podatkowa nie będzie prowadzić spraw w nieskończoność.