Odliczanie podatku naliczonego wynikającego z transakcji związanej ze sprzedażą opodatkowaną lub inną, ale z prawem do rozliczenia, jest jednym z najważniejszych uprawnień czynnego podatnika VAT. Ważne przy tym jest nie tylko to, aby podatnik w prawidłowy sposób zdefiniował kwotę VAT naliczonego podlegającego rozliczeniu, ale również to, by odliczenie dotyczyło odpowiedniego okresu rozliczeniowego.
Do pewnego czasu, zdaniem wielu urzędów skarbowych, brak rejestracji do podatku VAT oznaczał brak możliwości odliczenia podatku od zakupów, które zostały poniesione przed rejestracją. Jednak prawo unijne mówi wprost, że jeśli podmiot zachowuje się jako podatnik, to oznacza to, że jest podatnikiem i nabywa przy tym zarówno prawa jak i obowiązki z tym związane.
Usługi kompleksowe nie są zdefiniowane w żadnych przepisach o VAT. Chodzi o prace wykonywane przez przedsiębiorcę dla jego kontrahenta lub klienta, w ramach których jest realizowanych kilka różnych usług – tak ściśle ze sobą powiązanych, że dla zamawiającego tworzą w praktyce jedną całość. Spory o to, które ze świadczeń są kompleksowe, a które odrębne, często musi rozwiązywać Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej.