Podatnik, który otrzyma wynik kontroli celno-skarbowej, tylko raz będzie mógł skorygować złożoną deklarację podatkową. Jeśli później uzna, że dokonane przez niego rozliczenia wbrew opinii kontrolujących były jednak prawidłowe, to ponowna deklaracja, w zakresie, jakim cofa ustalenia kontroli, będzie już bezskuteczna.
Resort finansów informuje, że kwoty wstrzymanych, czyli objętych weryfikacją zwrotów VAT, idą w setki milionów złotych. Przedsiębiorcy, objęci procedurą weryfikacji zasadności zwrotu nadwyżki VAT, narażeni są na długie lata oczekiwania oraz związane z tym ryzyko utraty płynności finansowej. Spory w tym zakresie niejednokrotnie kończą się przed sądami administracyjnymi.
Przedsiębiorcy, którzy są podatnikami VAT miewają wątpliwości odnośnie zasad odliczania VAT w przypadku nabywanych mediów (jak gaz, woda, energia elektryczna). Wątpliwości te dotyczą m.in. kwestii stosowanych przez dostawców mediów tzw. prognoz, które często różnią się od faktycznego zużycia, opóźnionego wystawienia faktury przez dostawcę. Kwestie te wyjaśnił (z upoważnienia Ministra Finansów) Filip Świtała, Podsekretarz Stanu w Ministerstwie Finansów w odpowiedzi (z 24 października 2018 r.) na interpelację poselską.
W sytuacji gdy klient spółki za osiągnięcie określonego pułapu obrotów jest nagradzany imprezą wyjazdową organizowaną przez spółkę, na której kształt nie ma wpływu, nie można uznać, że jest zamawiającym usługę. Pomiędzy spółką a jej klientem, który osiągnął wymagany pułap obrotów nie ma relacji, o której mowa w przepisie odnoszącym się do procedury VAT marża.
Jednostki organizacyjne samorządu terytorialnego, świadcząc odpłatne usługi, stają się podatnikami VAT. Jednak część usług wykonują nieodpłatnie, w ramach realizacji zadań publicznoprawnych. Rozdzieleniu dla potrzeb podatku VAT działalności w ramach tych dwóch sfer służy tzw. prewspółczynnik. Mimo że sama ustawa o VAT daje podatnikom możliwość dostosowania sposobu określenia proporcji, fiskus wymusza stosowanie metod określonych w akcie niższej rangi, jakim jest rozporządzenie.
Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej w interpretacji indywidualnej z 22 maja 2018 r., znak: ITPP2/4512-289/15-2/PS, po oddaleniu skargi kasacyjnej przez NSA (wyrok I FSK 490/16 z 18.01.2018 r.), musiał przyznać, że nie w każdym przypadku parkowanie samochodu poza siedzibą firmy oznacza, że samochód nie jest wykorzystywany wyłącznie do działalności gospodarczej.
W dniu 18 czerwca 2018 r. Naczelny Sąd Administracyjny wydał uchwałę w zakresie obowiązków informacyjnych, jakie muszą zostać spełnione, aby Organ podatkowy skutecznie zawiesił bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Niestety po raz kolejny NSA orzekł profiskalnie. Oznacza to, że warunki formalne jakie musi spełnić organ podatkowy, by doprowadzić do zawieszenia biegu terminu przedawnienia, są zredukowane do minimum.
Trybunał Sprawiedliwości UE odpowie na pytanie prejudycjalne NSA, czy obecny zakaz odliczania VAT od usług gastronomicznych i noclegowych nie narusza regulacji unijnych. Jeśli uzna, że zakaz jest dopuszczalny, to sytuacja przedsiębiorców z branży hotelarskiej i gastronomicznej nie tylko się nie poprawi, ale wręcz pogorszy. Opłacalne przestanie być wydawanie bonów na noclegi bądź wyżywienie – alarmuje jedna z organizacji branżowych w petycji do Ministerstwa Finansów. Apeluje, aby resort finansów nie czekał na werdykt unijnego trybunału i już dzisiaj przemyślał zmiany przepisów.
Zdaniem Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej podatnik zachowuje prawo do odliczenia VAT, gdy prawo to powstało, nawet jeśli ów podatnik z przyczyn niezależnych od jego woli nie mógł wykorzystać towarów lub usług stanowiących podstawę odliczenia. W związku z tym do odmowy odliczenia nie wystarczy, aby nieruchomość pozostała niezajęta po rozwiązaniu umowy najmu, której była przedmiotem, z powodu okoliczności niezależnych od woli jej właściciela.
