Organy podatkowe mają obowiązek kontrolować m.in. czy podatnicy nie zawyżają kosztów uzyskania przychodu, a tym samym, czy celowo nie zmniejszają podstawy opodatkowania. W przypadku stwierdzenia nieprawidłowości podatnik ma prawo do złożenia korekty (deklaracji, zeznania podatkowego), a jeżeli korekta nie zostanie złożona, organ wyda decyzję wymiarową w postępowaniu podatkowym.
Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej uznał, że art. 90 dyrektywy 2006/112 w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej należy interpretować w ten sposób, że stoi on na przeszkodzie przepisom krajowym, które przewidują, iż podatnik nie może dokonać omawianej korekty, jeżeli dłużnik nie jest już podatnikiem VAT. TSUE podkreślił, że skoro dłużnik utracił status podatnika VAT, to tym bardziej przemawia to za możliwością dokonania korekty.
Fundowanie owoców pracownikom nie jest niezbędne do prowadzenia biznesu, zatem nie można odliczyć VAT od tego wydatku. Tak orzekł 17 lipca 2019 r. WSA w Łodzi. Fiskus więc wygrał, choć w sprawie podatku dochodowego twierdzi coś odwrotnego: że wydatki na zakup artykułów spożywczych mogą w dalszej perspektywie przyczyniać się do poprawy atmosfery wśród pracowników, do zwiększania ich motywacji i w konsekwencji do wzrostu wydajności, a zatem mogą przełożyć się na uzyskiwane przez spółkę przychody. Te same wydatki dla celów VAT służą natomiast – zdaniem fiskusa – celom osobistym podwładnych, a nie prowadzonemu biznesowi.
Transakcje łańcuchowe, które polegają na dostawie tego samego towaru w ten sposób przez kilka podmiotów, mogą występować w różnych konfiguracjach, zarówno krajowych, jak i zagranicznych. Z perspektywy rozliczeń VAT bardzo istotne jest odpowiednie rozpoznanie transakcji łańcuchowych, szczególnie z zaangażowaniem podmiotów zagranicznych.
Kosztów uzyskania przychodów nie będą stanowić wydatki związane z udziałem w spotkaniach integracyjnych doradców podatkowych, jak i prawników (radców prawnych i adwokatów), w czasie których odbywać się będą, np. wspólne zwiedzanie określonego obiektu, czy miejscowości, zajęcia sportowe, wspólne posiłki, gry i konkursy, aukcje charytatywne, gry miejskie, zawody sportowe, wspólne dyskusje.