Zdaniem niektórych organów podatkowych pracodawca, który wydaje kupony żywnościowe dla pracowników, nie kontrolując, na jakie posiłki lub artykuły spożywcze są przez pracowników przeznaczane, nie może skorzystać z przewidzianego ze zwolnienia w podatku PIT. Na szczęście, zdaniem sądu jest inaczej, tj. niedopuszczalna jest wykładnia rozszerzająca zakresu stosowania przepisu prawa podatkowego, który jest podstawą ustanowienia zwolnienia.
Przedsiębiorcy, którzy są podatnikami VAT miewają wątpliwości odnośnie zasad odliczania VAT w przypadku nabywanych mediów (jak gaz, woda, energia elektryczna). Wątpliwości te dotyczą m.in. kwestii stosowanych przez dostawców mediów tzw. prognoz, które często różnią się od faktycznego zużycia, opóźnionego wystawienia faktury przez dostawcę. Kwestie te wyjaśnił (z upoważnienia Ministra Finansów) Filip Świtała, Podsekretarz Stanu w Ministerstwie Finansów w odpowiedzi (z 24 października 2018 r.) na interpelację poselską.
W sytuacji gdy klient spółki za osiągnięcie określonego pułapu obrotów jest nagradzany imprezą wyjazdową organizowaną przez spółkę, na której kształt nie ma wpływu, nie można uznać, że jest zamawiającym usługę. Pomiędzy spółką a jej klientem, który osiągnął wymagany pułap obrotów nie ma relacji, o której mowa w przepisie odnoszącym się do procedury VAT marża.
Jednostki organizacyjne samorządu terytorialnego, świadcząc odpłatne usługi, stają się podatnikami VAT. Jednak część usług wykonują nieodpłatnie, w ramach realizacji zadań publicznoprawnych. Rozdzieleniu dla potrzeb podatku VAT działalności w ramach tych dwóch sfer służy tzw. prewspółczynnik. Mimo że sama ustawa o VAT daje podatnikom możliwość dostosowania sposobu określenia proporcji, fiskus wymusza stosowanie metod określonych w akcie niższej rangi, jakim jest rozporządzenie.
Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej w interpretacji indywidualnej z 22 maja 2018 r., znak: ITPP2/4512-289/15-2/PS, po oddaleniu skargi kasacyjnej przez NSA (wyrok I FSK 490/16 z 18.01.2018 r.), musiał przyznać, że nie w każdym przypadku parkowanie samochodu poza siedzibą firmy oznacza, że samochód nie jest wykorzystywany wyłącznie do działalności gospodarczej.