Polskie organy podatkowej uważają, że zagraniczny podatek VAT należny jest przychodem, a naliczony kosztem. Sądy orzekają odwrotnie, że nie jest przychodem, a kosztem tylko wtedy, gdy się go nie odzyska. Spory o to trwają od kilku lat i dotyczą każdego polskiego przedsiębiorcy, który działa za granicą i wystawia faktury z tamtejszym podatkiem należnym (np. niemieckim, szwedzkim) oraz otrzymuje dokumenty z wykazanym na nich podatkiem naliczonym.
20 czerwca 2016 r. minister finansów wydał interpretację ogólną, w której stwierdził, że do podmiotów, prowadzących księgi rachunkowe przy użyciu programów komputerowych, które nie posiadają statusu przedsiębiorcy (chodzi tu m.in. o jednostki samorządu terytorialnego, fundacje, stowarzyszenia), należy odpowiednio zastosować okresy przejściowe do wdrożenia Jednolitego Pliku Kontrolnego, jakie zostały przewidziane dla mikro-, małych i średnich przedsiębiorców.
Zdaniem NSA, w kontekście ustalania różnic kursowych na rachunkach walutowych, o „kursie faktycznie zastosowanym” (wg art. 15a ust. 4 ustawy o PDOP) może być mowa wyłącznie w sytuacji, gdy w istocie doszło do przewalutowania, czyli do wyrażenia w danej walucie wartości pieniężnej określonej pierwotnie w innej walucie. Cechy faktycznego zastosowania kursu nie można odnieść do sytuacji, gdy w istocie nie dochodzi do wskazanej operacji w następstwie sprzedaży lub zakupu określonej waluty.