Aby móc potrącić koszty, podatnik musi zgromadzić odpowiednie dowody ich poniesienia. Co do zasady będą to faktury, podpisane umowy cywilnoprawne czy inne dowody księgowe. W przypadku kosztów, których wpływ na przychody jest trudny do wykazania, podatnik powinien mieć przygotowane, oprócz dowodów księgowych, również inne dowody świadczące o związku danego wydatku z przychodem.
Zdaniem sądu administracyjnego nie powinno się odmawiać podatnikowi prawa do odliczenia VAT nie tylko wtedy, gdy nieprawidłowości dotyczą wcześniejszej lub późniejszej transakcji, ale nawet wtedy, gdy dotyczą one bezpośrednio transakcji zakupu zawartej przez tego podatnika, czyli tej transakcji, której dotyczy podatek naliczony do odliczenia, pod warunkiem jednak, że na podstawie obiektywnych przesłanek nie da się stwierdzić, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, że zawierana przez niego transakcja zakupu wiązała się z przestępstwem popełnionym przez wystawcę faktury.
Rozwój gospodarczy, procesy globalizacji i wzmacnianie pozycji największych grup kapitałowych na świecie przyczynia się do istotnego wzrostu udziału transakcji, które są dokonywane przez te grupy, w całkowitym handlu. Szczególnej uwadze administracji podatkowych podlegają obecnie warunki, na jakich podmioty funkcjonujące w dużych grupach kapitałowych realizują wzajemne transakcje, tj. transakcje wewnątrzgrupowe. Ceny towarów, usług, wartości niematerialnych lub prawnych w transakcjach wewnętrznych grup kapitałowych jako transakcje między podmiotami powiązanymi coraz częściej stają się punktem sporu między podatnikami a administracjami podatkowymi.
Ministerstwo Finansów szykuje podatnikom kolejne zmiany w podatkach dochodowych (PIT, CIT i ryczałcie). Projektowana nowelizacja ma m.in. dostosować z dniem 1 stycznia 2021 r. przepisy o podatku dochodowym do PKWiU 2015, ograniczyć liczbę rocznych obliczeń podatku (PIT–40A) sporządzanych przez organy rentowe, wprowadzenie szczególnej klauzuli przeciwko unikaniu opodatkowania w zakresie regulacji dotyczącej zaliczania do kosztów uzyskania przychodów kosztów hipotetycznych odsetek. Ta sama nowelizacja ma także wprowadzić szereg ważnych zmian doprecyzowujących obecne przepisy nie tylko podatków dochodowych (także w VAT i Ordynacji podatkowej). Warto tu wskazać wprowadzenie możliwości przesyłania paragonów fiskalnych w formie elektronicznej do klienta, za jego zgodą i w uzgodniony z nim sposób, czy doprecyzowanie przepisów art. 61b Ordynacji podatkowej dotyczących indywidualnych rachunków podatkowych.
APA, z ang. Advanced Pricing Agreements, czyli Uprzednie Porozumienie Cenowe, to rodzaj umowy z Szefem Krajowej Administracji Skarbowej, w której podatnik oraz Szef KAS uzgadniają, że zastosowana wysokość oraz metoda wyliczenia ceny w transakcji z podmiotem powiązanym odpowiada zasadom rynkowym. Porozumienie to funkcjonuje w Polsce od 2006 roku, jednak do niedawna było relatywnie rzadko stosowane. Głownie z uwagi na fakt, że wystąpienie o APA jest dość czasochłonne, wymaga zebrania szeregu dokumentów, przygotowania obszernego wniosku i odpowiedniego przedstawienia argumentacji uzasadniającej zastosowane warunki transakcyjne. Wreszcie, wiąże się z poniesieniem znacznej opłaty w związku ze złożeniem wniosku.
