Zdaniem sądu administracyjnego nie powinno się odmawiać podatnikowi prawa do odliczenia VAT nie tylko wtedy, gdy nieprawidłowości dotyczą wcześniejszej lub późniejszej transakcji, ale nawet wtedy, gdy dotyczą one bezpośrednio transakcji zakupu zawartej przez tego podatnika, czyli tej transakcji, której dotyczy podatek naliczony do odliczenia, pod warunkiem jednak, że na podstawie obiektywnych przesłanek nie da się stwierdzić, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, że zawierana przez niego transakcja zakupu wiązała się z przestępstwem popełnionym przez wystawcę faktury.
Rozwój gospodarczy, procesy globalizacji i wzmacnianie pozycji największych grup kapitałowych na świecie przyczynia się do istotnego wzrostu udziału transakcji, które są dokonywane przez te grupy, w całkowitym handlu. Szczególnej uwadze administracji podatkowych podlegają obecnie warunki, na jakich podmioty funkcjonujące w dużych grupach kapitałowych realizują wzajemne transakcje, tj. transakcje wewnątrzgrupowe. Ceny towarów, usług, wartości niematerialnych lub prawnych w transakcjach wewnętrznych grup kapitałowych jako transakcje między podmiotami powiązanymi coraz częściej stają się punktem sporu między podatnikami a administracjami podatkowymi.
Niektóre wydatki na zakup usług niematerialnych od podmiotów powiązanych podlegają limitowaniu w kosztach uzyskania przychodu na gruncie podatku CIT. Do takich wydatków zalicza się usługi doradcze, reklamowe, zarządzania i kontroli, przetwarzania danych, ubezpieczeń, gwarancji i poręczeń, badania rynku oraz świadczenia o podobnym charakterze.
Ministerstwo Rozwoju przygotowało Czarną Księgę barier, na które polskie firmy napotykają w państwach Unii Europejskiej. Księga zawiera m.in. wskazania w zakresie zabezpieczenia kwot na przyszły podatek, gdzie podkreśla się, że problemem jest przede wszystkim praktyka organów krajowych i długie terminy zwrotu zabezpieczonych środków, a nie przepisy prawne, co jednak w efekcie ogranicza swobodne świadczenie usług.