Aby móc potrącić koszty, podatnik musi zgromadzić odpowiednie dowody ich poniesienia. Co do zasady będą to faktury, podpisane umowy cywilnoprawne czy inne dowody księgowe. W przypadku kosztów, których wpływ na przychody jest trudny do wykazania, podatnik powinien mieć przygotowane, oprócz dowodów księgowych, również inne dowody świadczące o związku danego wydatku z przychodem.
Zdaniem sądu administracyjnego nie powinno się odmawiać podatnikowi prawa do odliczenia VAT nie tylko wtedy, gdy nieprawidłowości dotyczą wcześniejszej lub późniejszej transakcji, ale nawet wtedy, gdy dotyczą one bezpośrednio transakcji zakupu zawartej przez tego podatnika, czyli tej transakcji, której dotyczy podatek naliczony do odliczenia, pod warunkiem jednak, że na podstawie obiektywnych przesłanek nie da się stwierdzić, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, że zawierana przez niego transakcja zakupu wiązała się z przestępstwem popełnionym przez wystawcę faktury.
Rok 2019 był kolejnym, w którym Krajowa Administracja Skarbowa rzadziej kontrolowała podatników. Liczba kontroli celno-skarbowych spadła o 14,5%, a kontroli podatkowych o 11,6% w porównaniu do 2018 roku. Typowanie do kontroli opiera się na analizie ryzyka, do której wykorzystywane są zaawansowane narzędzia analityczne (BIG DATA). Kontrole podatkowe często zastępowane są czynnościami sprawdzającymi.