Od momentu akcesji Rzeczypospolitej Polskiej do Unii Europejskiej, czyli od 1 maja 2004 r., Polska zobowiązana jest przestrzegać prawa unijnego. Oznacza to, że przepisy krajowe powinny być interpretowane z uwzględnieniem uregulowań wspólnotowych i orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. W zakresie podatku od towarów i usług, interpretacja ta, powinna uwzględniać głównie Dyrektywy 112/2006/WE (w odniesieniu do stanu prawnego z 2011) oraz orzecznictwo TSUE, odnoszące się do tego aktu. Nie jest jednak tajemnicą, że w praktyce polskie organy podatkowe miewają duże trudności z wdrożeniem tych zasad w swojej działalności.
Problem ten dotyczy dowodów znajdujących się w posiadaniu podatnika. Przez dowód należy rozumień wszystko, co może przyczynić się do wyjaśnienia sprawy, a nie jest sprzeczne z prawem (art. 180 §1 Ordynacji podatkowej, Dz.U. 1997 nr 137 poz. 926 ze zm.) W szczególności będą to więc księgi podatkowe, złożone przez podatnika deklaracje, wystawione lub otrzymane faktury, potwierdzenia dokonania przelewów, wyjaśnienia etc.
W przypadku wątpliwości co do przepisu podatkowego, urząd, wydając decyzję, także sąd wydając wyrok, będą miały obowiązek orzec na korzyść podatnika - takie rozwiązanie zakłada projekt noweli Ordynacji podatkowej podpisany i skierowany do Sejmu przez prezydenta. W projekcie zaproponowano także zmiany, które mają dać podatnikowi pewność, że administracja podatkowa nie będzie prowadzić spraw w nieskończoność.
W przypadku, gdy podatnik wykazał w deklaracji nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu, może domagać się następnie zliczenia zwrotu podatku od towarów i usług na poczet innego podatku, także takiego, dla poboru którego właściwy jest inny urząd skarbowy niż ten, do którego podatnik ma obowiązek uiścić VAT.
Przepisy podatkowe w Polsce, na Węgrzech, w Rumunii i Rosji są oceniane przez podatników w tych krajach jako najmniej stabilne w Europie. Najlepiej jest pod tym względem w Szwajcarii, Danii, Luksemburgu i Szwecji. 50% respondentów uznaje, że niestabilność systemów podatkowych i częste zmiany prawa niekorzystnie wpływają na ich działalność biznesową. Polska, Rosja i Portugalia to kraje, w których przedsiębiorcy wytoczyli organom podatkowym najwięcej spraw sądowych.