W większości mikro i małych przedsiębiorstw które podlegają pod ustawę o rachunkowości, czyli prowadzą pełną księgowość, polityka rachunkowości dotycząca amortyzacji dostosowana jest do przepisów podatkowych. Jednak zdarza się, że stawki amortyzacyjne, bilansowa i podatkowa, z różnych powodów odbiegają od siebie. Wówczas powstaje kłopot, jak zaewidencjonować takie zdarzenie gospodarcze, aby żaden koszt nie został ominięty.
Łatwiejsze fakturowanie, mniej skomplikowany sposób rozpoznawania obowiązku podatkowego, ale też utrzymanie obecnego, bardzo niskiego limitu wartości prezentów, które można przekazać bez VAT, czy podwyższenie stawek VAT na niektóre produkty. 20 września 2012 r. Komitet Stały Rady Ministrów przyjął projekt nowelizacji ustawy o VAT na 2013 rok, w którym znalazło się kilka zmian w porównaniu do wcześniej projektowanych rozwiązań.
Od 2013 roku czekają nas istotne zmiany dotyczące fakturowania sprzedaży towarów i usług. Pojawią się faktury uproszczone, a znikną m.in. faktury wewnętrzne. Przewiduje się również likwidację określeń „Faktura VAT-MP”, „Faktura VAT-marża”. Wprowadzona będzie możliwość umieszczenia informacji, iż podatek VAT rozlicza nabywca, a także możliwość wystawiania faktur zbiorczych. Zmian jest znacznie więcej, w tym w samej treści faktur VAT.
Minister Finansów wydał 30 marca 2012 r. interpretację ogólną dotyczącą opodatkowania podatkiem VAT dostawy i montażu sprzętu medycznego. Minister uznał, że niezależnie od treści zawartej umowy, dostawa wyrobu medycznego, podlega obecnie opodatkowaniu 8% stawką VAT. Natomiast prace polegające na dostosowaniu (adaptacji, przebudowy, rozbudowy itp.) pomieszczeń szpitala prowadzone w związku z dostawą ww. wyrobu medycznego nie korzystają, co do zasady, z preferencji podatkowej i podlegają opodatkowaniu według podstawowej stawki VAT (obecnie 23%).
Zdaniem Ministra Finansów podawane do spożycia „na miejscu” w kawiarniach i innych lokalach gastronomicznych kawy (lub herbaty), także te z dodatkiem mleka (np. cappuccino, czy latte) są obciążone 23% stawką VAT. Ale przy sprzedaży tych napojów „na wynos”, właściwa jest stawka 5% VAT. Są jednak interpretacje podatkowe wskazujące, że w przypadku tych napojów, których zasadniczym (przeważającym) składnikiem jest mleko, a dodatkowym składnikiem napar kawowy – stawką właściwą jest 8% VAT (bo te napoje nie spełniają definicji „kawy”).