W wyniku rozwoju branży transportowej pojawiło się wiele praktyk oraz zapisów umownych, które z powodu ich wielokrotnego powielania wpisały się na stałe do kanonu umów transportowych. Jednym z takich standardowych zapisów w zleceniu transportowym jest ten wskazujący, że kontrahentowi przysługuje prawo do wstrzymania lub odmowy zapłaty przewoźnego z uwagi na błędy w wystawionej przez przewoźnika fakturze VAT.
W celu ustalenia kiedy koszty transportu zwiększają podstawę opodatkowania dostawy towaru w podatku VAT, należy odróżnić dwa przypadki. Inna jest sytuacja kiedy dostawa towaru i koszty transportu stanowią świadczenie kompleksowe, tzn. dostawa towarów jest ściśle powiązana z transportem, a inna kiedy transport towarów stanowi usługę niezależną.