Organy podatkowe mają do dyspozycji szereg różnych instrumentów w celu sprawdzenia zasadności zwrotu podatku VAT. Dodatkowo, w myśl art. 273 dyrektywy 2006/112/WE, poza obowiązkami wymienionymi w tytule XI-tej dyrektywy, mogą nakładać inne obowiązki, jakie uznają za niezbędne dla zapewnienia prawidłowego poboru VAT i zapobieżenia oszustwom podatkowym. Zapominają przy tym jednak, że z tej samej dyrektywy wynika, iż sama weryfikacja prawidłowości rozliczeń musi odbywać się w ramach procedur, przewidzianych prawem krajowym.
Od momentu akcesji Rzeczypospolitej Polskiej do Unii Europejskiej, czyli od 1 maja 2004 r., Polska zobowiązana jest przestrzegać prawa unijnego. Oznacza to, że przepisy krajowe powinny być interpretowane z uwzględnieniem uregulowań wspólnotowych i orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. W zakresie podatku od towarów i usług, interpretacja ta, powinna uwzględniać głównie Dyrektywy 112/2006/WE (w odniesieniu do stanu prawnego z 2011) oraz orzecznictwo TSUE, odnoszące się do tego aktu. Nie jest jednak tajemnicą, że w praktyce polskie organy podatkowe miewają duże trudności z wdrożeniem tych zasad w swojej działalności.
Ministerstwo Finansów zapowiada, że po 20 czerwca będzie w stanie udostępnić nową usługę elektroniczną, tj. możliwość weryfikacji kontrahenta zarejestrowanego w zakresie podatku VAT. Zdaniem MF zapewni to bezpieczeństwo transakcji, bo podatnik będzie wiedział, że ma do czynienia z zarejestrowanym kontrahentem, zwiększy też pewność płacenia podatków.
Wzrost kwoty wolnej od podatku do 8 tys. zł - jak chce prezydent elekt Andrzej Duda - to koszt ok. 21,5 mld zł. Mniej więcej tyle, ile roczne wpływy z CIT. Państwo nie zaoszczędzi takiej kwoty, nikt nie odważy się podnieść danin, a ściągalności podatków nie da się poprawić z dnia na dzień. Jednak pieniędzy na znaczącą podwyżkę kwoty wolnej w PIT starczyłoby, gdyby państwo zlikwidowało oszustwa w VAT. Poza tym znaczna część pieniędzy uzyskanych przez podatników wskutek podniesienia kwoty wolnej wróciłaby zapewne do budżetu państwa w postaci podatków obrotowych: VAT i akcyzy.
Pracownik, który odbywa podróże służbowe krajowe i zagraniczne, obejmujące noclegi w hotelach, które w cenę za nocleg wliczają obligatoryjnie śniadanie, jest zobowiązany do odprowadzenia podatku dochodowego z tytułu otrzymywania takich śniadań. Wartość takiego śniadania pomniejsza wysokość diety przekazywanej pracownikowi przez pracodawcę na czas podróży służbowej, która jest wolna od podatku. Dzieje się tak także wtedy, gdy pracownik z przyczyn od siebie niezależnych, nie skorzystał faktycznie z hotelowych usług wyżywieniowych.