Aby móc potrącić koszty, podatnik musi zgromadzić odpowiednie dowody ich poniesienia. Co do zasady będą to faktury, podpisane umowy cywilnoprawne czy inne dowody księgowe. W przypadku kosztów, których wpływ na przychody jest trudny do wykazania, podatnik powinien mieć przygotowane, oprócz dowodów księgowych, również inne dowody świadczące o związku danego wydatku z przychodem.
Zdaniem Rzecznika Praw Obywatelskich zasada demokratycznego państwa prawnego (określona w art. 2 Konstytucji RP) wymaga, aby zawieszenie biegu przedawnienia zobowiązania podatkowego miało swoje uzasadnienie w stanie faktycznym. Chodzi o to, aby odmiennie traktować podatników, którzy nie popełnili czynu zabronionego oraz tych, którzy takiego czynu się dopuścili. Niezgodne z Konstytucją (wg opinii RPO) są przepisy Ordynacji podatkowej, służące do wszczynania postępowań karnoskarbowych w celu zawieszenia biegu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Taki jest wniosek Rzecznika do Trybunału Konstytucyjnego w sprawie skargi konstytucyjnej obywatela dotkniętego tymi przepisami. Już w 2014 r. RPO zaskarżył te przepisy do TK, wnosząc o stwierdzenie ich niekonstytucyjności - dotąd TK nie wydał orzeczenia w tej sprawie. RPO uważa, że przepisy te skutkują niepewnością obywateli, którzy nie wiedzą, czy ich zobowiązania podatkowe wygasły.
Zdaniem sądu administracyjnego nie powinno się odmawiać podatnikowi prawa do odliczenia VAT nie tylko wtedy, gdy nieprawidłowości dotyczą wcześniejszej lub późniejszej transakcji, ale nawet wtedy, gdy dotyczą one bezpośrednio transakcji zakupu zawartej przez tego podatnika, czyli tej transakcji, której dotyczy podatek naliczony do odliczenia, pod warunkiem jednak, że na podstawie obiektywnych przesłanek nie da się stwierdzić, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, że zawierana przez niego transakcja zakupu wiązała się z przestępstwem popełnionym przez wystawcę faktury.