Organ podatkowy ma obowiązek wydać decyzję, w której określa wysokość zobowiązania podatkowego, jeżeli w postępowaniu podatkowym stwierdzi, że wysokość zobowiązania podatkowego jest inna niż wykazana przez podatnika w deklaracji. Nie ma znaczenia, czy deklarowana przez podatnika kwota zobowiązania wynika z pierwotnej, czy też ze skorygowanej deklaracji.
Dowody księgowe stwierdzające dokonanie operacji gospodarczej stanowią podstawę zapisów w księgach rachunkowych - zgodnie z art. 20 ust. 2 ustawy o rachunkowości. Prawidłowość ksiąg rachunkowych zależy więc między innymi od tego, czy zapisy księgowe są udokumentowane prawidłowymi dowodami księgowymi, spełniającymi wymogi określone w przepisach. Przy czym należy zwrócić uwagę, że ich prawidłowości nie należy sprawdzać tylko w konfrontacji z przepisami ustawy o rachunkowości. Podczas kontroli należy wziąć pod uwagę również przepisy podatkowe, gospodarcze, branżowe itp.