Podatnicy, którym grozi odpowiedzialność karna skarbowa, mogą się od niej uwolnić, składając tzw. czynny żal. Czynny żal to zawiadomienie właściwego organu o popełnieniu przestępstwa lub wykroczenia skarbowego. Złożony prawidłowo, uwalnia od kary za nie. Jeżeli zatem podatnik np. nie złoży w terminie deklaracji podatkowej, to przekazanie czynnego żalu do urzędu skarbowego uchroni go przed zapłatą kary finansowej.
Zgodnie z przepisami pisma w sprawie podatkowej doręcza się stronie postępowania, a jeśli został ustanowiony pełnomocnik, to temu pełnomocnikowi. Jeżeli więc podatnik ustanowi w swej sprawie pełnomocnika, to o wszystkich pismach i czynnościach organu dowie się on od swojego pełnomocnika, bowiem w takiej sytuacji organ podatkowy nie doręcza już pism jemu, ale pełnomocnikowi.
Przepisy unijne nie stoją na przeszkodzie, w kontekście zasady skuteczności ścigania w sprawach przestępstw z dziedziny podatku VAT, stosowaniu przez sąd krajowy przepisu krajowego stanowiącego, że należy odrzucić w postępowaniu podatkowym dowody, takie jak nagrania z podsłuchów telefonicznych, wymagające uprzedniej zgody sądu - tak orzekł Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej.
Minister Finansów przygotował bardzo obszerny i wielowątkowy projekt nowelizacji ustawy o postępowaniu egzekucyjnym w administracji oraz niektórych innych ustaw. To bardzo ważna ustawa zwłaszcza dla podatników, bowiem egzekucji administracyjnej podlegają m.in. podatki, opłaty, odsetki od zobowiązań podatkowych, grzywny a także np. składki na ubezpieczenia społeczne Projekt ten został opublikowany 25 lutego 2019 r., rozpoczęły się uzgodnienia międzyresortowe, konsultacje publiczne i opiniowanie tego projektu. Zdecydowana większość przepisów ma wejść w życie w trakcie 2019 roku.
Narzędzia jakimi dysponują organy podatkowe powodują, że kontrole są coraz skuteczniejsze i mają coraz większy wymiar finansowy. Na przestrzeni ostatnich lat jest mniej kontroli przedsiębiorców, ale w ich wyniku znacznie zwiększyła się kwota stwierdzonych uszczupleń podatkowych. W praktyce oznacza to, że kontroli jest mniej, ale celniej trafiają w podmioty, które naruszają przepisy podatkowe. To z kolei przekłada się zwiększenie ustaleń podatkowych oraz lepszą efektywność kontroli (stosunek zaangażowanych środków na przeprowadzenie kontroli do kwoty stwierdzonych uszczupleń podatkowych).
Zgodnie z przepisami ordynacji podatkowej bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu, z dniem wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, o którym podatnik został zawiadomiony, jeżeli podejrzenie popełnienia przestępstwa lub wykroczenia wiąże się z niewykonaniem tego zobowiązania. Przy czym, żeby wszczęcie postępowania wywołało wskazany skutek, warunkiem koniecznym jest zawiadomienie o tym fakcie podatnika przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania.
Podatnik, który otrzyma wynik kontroli celno-skarbowej, tylko raz będzie mógł skorygować złożoną deklarację podatkową. Jeśli później uzna, że dokonane przez niego rozliczenia wbrew opinii kontrolujących były jednak prawidłowe, to ponowna deklaracja, w zakresie, jakim cofa ustalenia kontroli, będzie już bezskuteczna.
Od 1 lipca 2018 r. wszyscy podatnicy, którzy prowadzą księgi podatkowe i wytwarzają dowody księgowe w formie elektronicznej, przekazują struktury JPK na żądanie organów podatkowych. JPK na żądanie obejmuje 6 struktur: księgi rachunkowe – JPK_KR, wyciąg bankowy – JPK_WB, magazyn – JPK_MAG, faktury VAT – JPK_FA, podatkowa księga przychodów i rozchodów – JPK_PKPIR, ewidencja przychodów – JPK_EWP. Ministerstwo Finansów udzieliło wyjaśnień odnośnie struktury magazynowej JPK_MAG.
Począwszy od stycznia 2018 roku, wszyscy przedsiębiorcy muszą już co miesiąc składać plik JPK VAT. Z kolei od lipca urzędy skarbowe mogą żądać plików JPK, które nie dotyczą VAT, ale zawierają np. dane o fakturach (JPK FA), księgach podatkowych (JPK KR/PKPiR), wyciągach bankowych (JPK WB) czy stanach magazynowych (JPK MAG). Wciąż jednak pojawiają się pytania, co zrobić w sytuacji, w której firma prowadzi dokumentację w formie papierowej. Czy wtedy przedsiębiorca również zobligowany jest do przygotowania plików JPK?