Jedną z fundamentalnych zasad podatku od towarów i usług, jest możliwość odliczenia podatku naliczonego. Dzięki takiemu rozwiązaniu, podatek może być neutralny dla przedsiębiorcy. Co do zasady - prawo do odliczenia nie powinno być ograniczane, ponieważ stanowi podstawową zasadę systemu podatku VAT, co wielokrotnie podkreślał Trybunał Sprawiedliwości (np. wyroku z 8.01.2002 r., C-409/99, Metropol Treuhand WirtschaftsstreuhandgmbH przeciwko Finanzlandesdirektion für Steiermark and Michael Stadler v Finanzlandesdirektion für Vorarlberg, EU:C:2002:2). Zdarzają się jednak sytuacje, gdzie błędy w fakturze mogą spowodować ograniczenie tego prawa – w szczególności, jeżeli taka zostanie uznana za nierzetelną.
Projekt zmian w CIT zaszkodzi dziesiątkom tysięcy polskich firm, bo dodatkowe obciążenia podatkowe sprawią, że będą mniej konkurencyjne na tle firm zagranicznych. Podwójne opodatkowanie spółek komandytowych spowoduje, że taka forma prowadzenia biznesu najprawdopodobniej zniknie z obrotu gospodarczego w Polsce – czytamy w uwagach, które Krajowa rada Doradców Podatkowych przesłała do Ministerstwa Finansów w związku z pracami nad zmianą przepisów o CIT, PIT i podatku ryczałtowym.
Stwierdzenie nabycia przez podatnika pustych faktur w celu uzyskania korzyści podatkowych upoważnia organy do odmówienia mu prawa do odliczenia VAT. Nie oznacza jednak, że na tej podstawie mogą żądać od niego zapłaty VAT z faktur, które on wystawił. Jak orzekł Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi, to, iż przedsiębiorca kupował puste faktury, nie oznacza, że sam takie wystawiał. Organy muszą to udowodnić.
W świetle art. 18d ust. 2 pkt 3 ustawy o CIT wydatki poniesione przez spółkę na zakup ekspertyz, opinii, usług doradczych i usług równorzędnych, świadczonych lub wykonywanych przez podmioty inne niż jednostki naukowe w rozumieniu ustawy o zasadach finansowania nauki, nie mogą zostać uznane za koszty kwalifikowane. Za koszty kwalifikowane w rozumieniu ustawy o CIT mogą być bowiem uznane tylko i wyłącznie te wydatki, które zostały poniesione na zakup ekspertyz, opinii, usług doradczych i usług równorzędnych od jednostek naukowych.
Ministerstwo Finansów przygotowało projekt nowelizacji ustawy o PIT, ustawy o CIT, ustawy o ryczałcie ewidencjonowanym, ustawy o rachunkowości i kilku innych ustaw. Zaprojektowane przepisy mają na celu w szczególności uszczelnienie systemu podatkowego. Do najważniejszych zmian należą z pewnością jest objęcie spółki komandytowej opodatkowaniem CIT , obowiązek publikowania strategii podatkowej przez wielkie koncerny oraz ograniczenie ulgi abolicyjnej. Dla wielu firm pakiet oznaczać będzie zmniejszenie wysokości opodatkowania oraz otwarcie możliwości korzystania z uproszczonego, ryczałtowego rozliczenia podatku. Więcej firm skorzysta z obniżonej stawki 9% CIT oraz z ryczałtu od przychodów ewidencjonowanych.