Jak podają media cytując urzędników resortu finansów, pod koniec sierpnia 2016 r. wpłynęło ponad 6 tys. elektronicznych informacji na temat ewidencji prowadzonej dla potrzeb VAT. Wszystkie podmioty sektora publicznego oraz szkoły wyższe i jednostki badawcze, które, zgodnie z interpretacją tegoż resortu, też są jakoby dużymi podatnikami (choć są na ten temat inne poglądy prawne), zwolniono z tego obowiązku, bo nie były w stanie mu podołać: nie miały pieniędzy aby dać zarobić firmom informatycznym. Ponoć jest ich około 3 tysięcy, czyli jedna trzecia ogółu. Nikt nie może zrozumieć panującego tu bałaganu, który przy pomocy wątpliwych poglądów narzuca podatnikom obowiązki, a potem z nich zwalnia.
Dnia 2 czerwca 2016 r. Trybunał Sprawiedliwości UE wydał korzystny dla podatników akcyzy z tytułu sprzedaży oleju opałowego. Wszyscy ci, wobec których zastosowano polskie przepisy oceniane przez TS UE (art. 89 ustawy z 2008 r.) do 8 września 2016 r. mogli oni składać wnioski o wznowienie do organów, który wydały decyzję ostateczną. Do 8 listopada 2016 r. mogą to jeszcze zrobić w zakresie postępowania sądowego – do NSA lub WSA. Jest to ostatnia szansa, ale dotyczy ona już tylko tych podatników, którzy doszli w swojej sprawie do etapu sądu administracyjnego. Co którzy nie skarżyli decyzji dyrektorów izb celnych lub nawet organów I instancji, mają już zamkniętą drogę.
Do 25 sierpnia 2016 roku przedsiębiorstwa, które zatrudniają przynajmniej 250 osób lub też spełniają kryteria wartościowe dla dużych firm muszą przesłać obligatoryjnie do urzędów skarbowych Jednolity Plik Kontrolny zawierający ewidencję sprzedaży i zakupu VAT. Dodatkowo firmy muszą być przygotowane na przedstawienie struktur obejmujących księgi rachunkowe, magazyny, faktury VAT, podatkową księgę przychodów i rozchodów oraz ewidencję ryczałtową na żądanie organów podatkowych. Obowiązek sporządzania struktur JPK „Wyciąg bankowy", chociaż teoretycznie wciąż spoczywa na podatniku, w praktyce został już przerzucony na banki.
Zdaniem Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej zarówno ogólna systematyka, jak i cel Dyrektywa Rady 2003/96/WE opierają się na zasadzie, według której produkty energetyczne są opodatkowane zgodnie z ich faktycznym wykorzystaniem. A zatem zastosowanie stawki akcyzy na olej opałowy jak dla paliwa napędowego w wyniku naruszenia warunku formalnego, podczas gdy faktyczne zużycie tego oleju na cele opałowe nie budzi wątpliwości, godzi w tę systematykę i cel, a przez to jest niezgodne z przepisami unijnymi.
Prezydent Andrzej Duda podpisał ustawę budżetową na 2016 r. W ustawie założono, że dochody podatkowe budżetu państwa wyniosą: 128 mld 683 mln zł z podatku VAT, 64 mld 83 mln zł z podatku akcyzowego, 1 mld 383 mln zł z podatku od gier, 26 mld 67 mln zł z podatku CIT, 46 mld 894 mln zł z podatku PIT, 1 mld 530 mln zł z podatku od wydobycia niektórych kopalin.