Podatników obowiązuje zasada, że mogą odliczać VAT od zakupów, które są związane ze sprzedażą opodatkowaną. Zasada ta nie uległa zmianie. Ustawodawca wprowadził natomiast do ustawy o VAT, obok funkcjonującej od dawna proporcji, tzw. preproporcję, która pozwala ustalić, jaka część VAT naliczonego jest związana ze sprzedażą podlegającą VAT, gdy podatnik wykonuje również czynności, które nie stanowią działalności według ustawy o VAT. Dla podatników jest to nowość.
Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej w dniu 22 października 2015 r. wydał orzeczenie, które może okazać się bardzo ważne dla podatników, którym organy podatkowe podważyły prawo do odliczenia podatku VAT. Trybunał uznał, że organy podatkowe nie mogą w sposób generalny wymagać, żeby podatnik badał, czy wystawca faktury za towary lub usługi, których odliczenie ma dotyczyć, dysponuje danymi towarami i czy jest w stanie je dostarczyć oraz czy wywiązuje się z obowiązku złożenia deklaracji i zapłaty podatku VAT, w celu upewnienia się, że podmioty działające na wcześniejszych etapach obrotu nie dopuszczają się nieprawidłowości lub przestępstwa, albo żeby podatnik ten posiadał potwierdzające to dokumenty.
Ministerstwo Finansów poinformowało, że z dniem 1 stycznia 2016 r. ulega zmianie podstawowa zasada określania właściwości organów podatkowych w zakresie podatku VAT. Właściwość organów podatkowych będzie co do zasady ustalana na ogólnych zasadach wynikających z Ordynacji podatkowej, tj. ze względu na siedzibę podatnika, jeżeli podatnik jest osoba prawną lub jednostką niemającą osobowości prawnej, oraz ze względu na miejsce zamieszkania, jeżeli podatnik jest osobą fizyczną.
Organy podatkowe nie powinny wydawać decyzji odmawiającej odliczenia VAT jedynie wykazując, że dostawca podatnika był podmiotem nieistniejącym. Konieczne jest wykazanie, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, iż dostawa wiązała się z przestępstwem w zakresie podatku. Organy podatkowe nie mogą jednakże w sposób generalny wymagać od podatnika sprawdzania, czy jego dostawca dysponuje towarami i jest w stanie je dostarczyć. Nie można również wymagać od podatnika weryfikowania, czy jego dostawca wywiązuje się z obowiązku składania deklaracji i zapłaty podatku VAT.
Podatnik, który chce odliczyć VAT nie musi badać, czy wystawca faktury za towary lub usługi, których odliczenie ma dotyczyć, dysponuje danymi towarami i jest w stanie je dostarczyć oraz czy wywiązuje się z obowiązku złożenia deklaracji i zapłaty podatku VAT. Trybunał Sprawiedliwości UE wydał 22 października 2015 r. wyrok, zgodnie z którym nie można odmówić prawa do odliczenia VAT, jeśli była dostawa, a tylko nie da się ustalić, kto był sprzedawcą. Urzędnicy musieliby wykazać, że kupujący faktycznie nie dochował należytej staranności.
