Polskie organy podatkowej uważają, że zagraniczny podatek VAT należny jest przychodem, a naliczony kosztem. Sądy orzekają odwrotnie, że nie jest przychodem, a kosztem tylko wtedy, gdy się go nie odzyska. Spory o to trwają od kilku lat i dotyczą każdego polskiego przedsiębiorcy, który działa za granicą i wystawia faktury z tamtejszym podatkiem należnym (np. niemieckim, szwedzkim) oraz otrzymuje dokumenty z wykazanym na nich podatkiem naliczonym.
Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 29 stycznia 2016 r., (sygn. akt II FSK 3178/13) rozstrzygnął kwestię tego, jak należy interpretować termin ,,wartość zadłużenia”, o którym mowa w art. 16 ust. 1 pkt 60 i 61 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (przepisy dot. tzw. cienkiej kapitalizacji). W orzecznictwie sporne jest, czy przez to określenie rozumieć trzeba jedynie wartość pożyczek czy też wszystkich zobowiązań wobec podmiotu powiązanego.
20 czerwca 2016 r. minister finansów wydał interpretację ogólną, w której stwierdził, że do podmiotów, prowadzących księgi rachunkowe przy użyciu programów komputerowych, które nie posiadają statusu przedsiębiorcy (chodzi tu m.in. o jednostki samorządu terytorialnego, fundacje, stowarzyszenia), należy odpowiednio zastosować okresy przejściowe do wdrożenia Jednolitego Pliku Kontrolnego, jakie zostały przewidziane dla mikro-, małych i średnich przedsiębiorców.
Naczelny Sąd Administracyjny kontynuuje linię orzeczniczą, zgodnie z którą premie i nagrody wypłacane pracownikom z dochodów spółki po jej opodatkowaniu, stanowią koszt uzyskania przychodu. W uchwale 7 sędziów z 1 lutego 2016 roku powtórzył korzystną dla przedsiębiorców interpretację przepisów wedle której są to wydatki odliczane od przychodów, a więc zmniejszające dochód przed opodatkowaniem. W tej samej uchwale NSA zaznaczył też, że nie są kosztem uzyskania przychodów składki na ubezpieczenie społeczne oraz na Fundusz Pracy i na inne fundusze celowe utworzone na podstawie odrębnych ustaw - od nagród i premii, wypłacanych w gotówce lub w papierach wartościowych z dochodu po opodatkowaniu podatkiem dochodowym.