Zdaniem sądu administracyjnego nie powinno się odmawiać podatnikowi prawa do odliczenia VAT nie tylko wtedy, gdy nieprawidłowości dotyczą wcześniejszej lub późniejszej transakcji, ale nawet wtedy, gdy dotyczą one bezpośrednio transakcji zakupu zawartej przez tego podatnika, czyli tej transakcji, której dotyczy podatek naliczony do odliczenia, pod warunkiem jednak, że na podstawie obiektywnych przesłanek nie da się stwierdzić, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, że zawierana przez niego transakcja zakupu wiązała się z przestępstwem popełnionym przez wystawcę faktury.
Jeżeli samochód wykupiony po zakończeniu umowy leasingu (do majątku prywatnego przedsiębiorcy) nie będzie stanowił składnika majątku w prowadzonej działalności gospodarczej - to przychód uzyskany ze sprzedaży tego samochodu nie będzie stanowił przychodu z działalności gospodarczej. Sprzedaż takiego samochodu należy zakwalifikować do źródła przychodów, o którym mowa w art. 10 ust. 1 pkt 8 lit. d) ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, czyli do odpłatnego zbycia rzeczy. W takiej sytuacji przychód podatkowy nie powstanie (co oznacza też brak podatku), jeżeli zbycie samochodu będzie miało miejsce po upływie pół roku, licząc od końca miesiąca, w którym nastąpiło jego nabycie (tj. wykup z leasingu).
Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej uznał, że art. 90 dyrektywy 2006/112 w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej należy interpretować w ten sposób, że stoi on na przeszkodzie przepisom krajowym, które przewidują, iż podatnik nie może dokonać omawianej korekty, jeżeli dłużnik nie jest już podatnikiem VAT. TSUE podkreślił, że skoro dłużnik utracił status podatnika VAT, to tym bardziej przemawia to za możliwością dokonania korekty.
Fundowanie owoców pracownikom nie jest niezbędne do prowadzenia biznesu, zatem nie można odliczyć VAT od tego wydatku. Tak orzekł 17 lipca 2019 r. WSA w Łodzi. Fiskus więc wygrał, choć w sprawie podatku dochodowego twierdzi coś odwrotnego: że wydatki na zakup artykułów spożywczych mogą w dalszej perspektywie przyczyniać się do poprawy atmosfery wśród pracowników, do zwiększania ich motywacji i w konsekwencji do wzrostu wydajności, a zatem mogą przełożyć się na uzyskiwane przez spółkę przychody. Te same wydatki dla celów VAT służą natomiast – zdaniem fiskusa – celom osobistym podwładnych, a nie prowadzonemu biznesowi.
Transakcje łańcuchowe, które polegają na dostawie tego samego towaru w ten sposób przez kilka podmiotów, mogą występować w różnych konfiguracjach, zarówno krajowych, jak i zagranicznych. Z perspektywy rozliczeń VAT bardzo istotne jest odpowiednie rozpoznanie transakcji łańcuchowych, szczególnie z zaangażowaniem podmiotów zagranicznych.
