Ministerstwo Finansów poinformowało, że z dniem 1 stycznia 2016 r. ulega zmianie podstawowa zasada określania właściwości organów podatkowych w zakresie podatku VAT. Właściwość organów podatkowych będzie co do zasady ustalana na ogólnych zasadach wynikających z Ordynacji podatkowej, tj. ze względu na siedzibę podatnika, jeżeli podatnik jest osoba prawną lub jednostką niemającą osobowości prawnej, oraz ze względu na miejsce zamieszkania, jeżeli podatnik jest osobą fizyczną.
Organy podatkowe nie powinny wydawać decyzji odmawiającej odliczenia VAT jedynie wykazując, że dostawca podatnika był podmiotem nieistniejącym. Konieczne jest wykazanie, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, iż dostawa wiązała się z przestępstwem w zakresie podatku. Organy podatkowe nie mogą jednakże w sposób generalny wymagać od podatnika sprawdzania, czy jego dostawca dysponuje towarami i jest w stanie je dostarczyć. Nie można również wymagać od podatnika weryfikowania, czy jego dostawca wywiązuje się z obowiązku składania deklaracji i zapłaty podatku VAT.
Kilka razy w miesiącu dokonujemy przesunięć naszych towarów do magazynu położonego w Niemczech. Przesunięcia te poświadczamy dokumentami wewnętrznymi, które zasadniczo zawierają te same dane, które zwykle znajdują się na fakturze, jednak nie oznaczamy ich jako „faktura", lecz jako „MM". Czy powinniśmy mimo to uznać, że wystawiony dokument przesunięć międzymagazynowych jest jednak fakturą i stosownie do tego rozpoznać obowiązek podatkowy dla tej czynności?
Sytuacja przedsiębiorców nieświadomie uczestniczących w transakcjach z nieuczciwymi kontrahentami, z prawnego punktu widzenia, nie jest aż tak zła, jak mogłyby na to wskazywać, wydawane często na wyrost, decyzje organów podatkowych. Nawet w przypadku, gdyby okazało się, że kontrahent okazał się oszustem podatkowym, możliwe jest otrzymanie zwrotu VAT.