W przypadku stwierdzenia nieprawidłowości w wystawianych paragonach, w podatkowej księdze przychodów i rozchodów (pkpir) nie ujmuje się korekt poszczególnych paragonów, a wartości wynikające z raportów dobowych, bądź ich zestawień, pomniejszone, bądź powiększone o sumę wartości korekt poszczególnych paragonów, wynikającą z odrębnej ewidencji, prowadzonej dla celów podatku od towarów i usług. Jeżeli część z błędnie zarejestrowanych na kasie rejestrującej wpłat dotyczy środków pieniężnych nie stanowiących przychodu podatkowego (zaliczek na poczet wykonania przyszłych usług), ww. korekty będą miały również wpływ na kwoty wykazane uprzednio w kolumnie 16 podatkowej księgi przychodów i rozchodów.
Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej uznał niedawno, że jeśli uzyskanie od kontrahenta kopii faktury korygującej w rozsądnym terminie jest niemożliwe lub nadmiernie utrudnione, to podatnikowi nie można odmówić prawa do odliczenia VAT, jeśli wykaże on, że dana transakcja została w rzeczywistości zrealizowana na warunkach określonych w korekcie. Pojawiają się już pierwsze wyroki sądów polskich, uwzględniające wyrok Trybunału. Jednym z nich jest wyrok WSA we Wrocławiu.
Podatnicy prowadzący działalność gospodarczą, opodatkowani wg skali podatkowej PIT mogą skorzystać z odliczeń od dochodu (np. z tytułu przekazanych darowizn, wydatków na Internet), odliczeń od podatku (np. ulga na dziecko), a także z możliwości wspólnego rozliczenia z małżonkiem. Przedsiębiorcy opodatkowani liniowo mogą jedynie zmniejszyć swój dochód o zapłacone składki na ubezpieczenie społeczne, a podatek o składki z tytułu ubezpieczenia zdrowotnego. Płacącym podatek w formie karty podatkowej zostaje tylko odliczenie składek na ubezpieczenie zdrowotne.
Obecnie, organy podatkowe prezentują jednolite stanowisko, zgodnie z którym faktury korygujące przychody, bez względu na przyczynę uzasadniającą korektę przychodów, powinny być rozliczane w okresie rozpoznania przychodu należnego. Poprzednio, w pewnych przypadkach organy zgadzały się na rozliczanie faktur korygujących w dacie ich wystawienia. Czy obecnie prezentowane stanowisko jest prawidłowe?