Do kosztów uzyskania przychodów nie mogą być zaliczane wydatki na kształcenie (czesne), które zostały poniesione na długo przed uruchomieniem działalności gospodarczej. W przypadku jednak, gdy za naukę płaci osoba prowadząca firmę, wydatki na kształcenie może zaliczyć do kosztów, jeśli występuje związek między kierunkiem kształcenia a działalnością gospodarczą. Takie rozwiązanie jest korzystne zwłaszcza dla osób, które uruchomiły działalności jeszcze na studiach.
Rozwiązanie spółki cywilnej lub handlowej niemającej osobowości prawnej powoduje obowiązek opodatkowania towarów własnej produkcji i towarów, które po nabyciu nie były przedmiotem dostawy. W praktyce zdarzają się jednak sytuacje, gdy pomimo opodatkowania towarów ujętych w spisie z natury, w ostatniej składanej deklaracji podatnik wykazuje kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym. Różnica podatku podlega wówczas zwrotowi na rachunek bankowy, jednak podmiotem uprawnionym do otrzymania zwrotu nie jest już spółka, lecz jej byli wspólnicy.
Kiedy w księdze przychodów i rozchodów ująć fakturę na zakup materiałów lub towarów handlowych, jeżeli fakturę tę otrzymano wcześniej, niż ww. materiały/towary? Czy z dokonaniem wpisu należy poczekać do momentu otrzymania materiałów/towarów? W którym miesiącu zaliczyć wydatek do kosztów uzyskania przychodów – w miesiącu wystawienia faktury, czy otrzymania materiałów/towar (gdy miesiące te są inne)? Czy ma znaczenie, czy miesiąc, w którym wystawiono fakturę, jest już „zamknięty”? Powyższe rodzi wątpliwości zwłaszcza w związku z istniejącą od 1 stycznia 2014 r. możliwością wystawiania faktur 30 dni przed dokonaniem dostawy towarów.