Orzecznictwo Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej wskazuje, że nie ma odpowiedzialności zbiorowej podmiotów uczestniczących w karuzeli podatkowej. Polskie sądy, jak zauważa ekspert Grant Thornton, przychylają się do tego stanowiska. Jeżeli więc transakcje przeprowadzone przez podatnika same w sobie nie stanowią naruszenia przepisów w zakresie podatku VAT, to nie można twierdzić, że noszą znamiona oszustwa podatkowego.
Organy podatkowe, w ramach postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej, chcąc sprawdzić autentyczność transakcji podatnika przeprowadzają tzw. kontrolę krzyżową (czynności sprawdzające). Kontrola tego rodzaju do niedawna mogła być przeprowadzona jedynie u bezpośredniego kontrahenta podatnika, tj. u sprzedawcy, od którego podatnik kupił towar lub usługę albo u nabywcy, któremu podatnik sprzedał towar lub usługę.