Po wejściu w życie Unijnego Kodeksu Celnego, tj. od 1 maja 2016 r., decyzje WIT nadal są ważne na całym obszarze celnym Unii Europejskiej. Decyzje WIT uzyskane przed tą datą zachowają swoją ważność przez okres, na który zostały wydane, tj. przez 6 lat, o ile nie zajdzie przesłanka utraty ważności decyzji WIT. Decyzje WIT wydane po tej dacie będą ważne przez 3 lata, o ile nie zajdzie przesłanka utraty ważności decyzji WIT.
Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej w dniu 22 października 2015 r. wydał orzeczenie, które może okazać się bardzo ważne dla podatników, którym organy podatkowe podważyły prawo do odliczenia podatku VAT. Trybunał uznał, że organy podatkowe nie mogą w sposób generalny wymagać, żeby podatnik badał, czy wystawca faktury za towary lub usługi, których odliczenie ma dotyczyć, dysponuje danymi towarami i czy jest w stanie je dostarczyć oraz czy wywiązuje się z obowiązku złożenia deklaracji i zapłaty podatku VAT, w celu upewnienia się, że podmioty działające na wcześniejszych etapach obrotu nie dopuszczają się nieprawidłowości lub przestępstwa, albo żeby podatnik ten posiadał potwierdzające to dokumenty.