Problemy zaczynają się już na etapie określenia, czym w ogóle jest należyta staranność w podatku u źródła. Próżno też szukać obiektywnego wzorca zachowania, na którym może oprzeć się płatnik. Organy podatkowe mają w zasadzie dowolność w ustalaniu standardów, które płatnik WHT powinien spełnić, i mogą one być nieproporcjonalnie wysokie. W rezultacie bardzo łatwo zarzucić płatnikowi, że podjęte przez niego działania były niewystarczające, a to z kolei może prowadzić do sporów. Płatnicy są w trudnej sytuacji także z tego powodu, że mają często mniejszą od skarbówki możliwość weryfikacji wymaganych informacji, zwłaszcza na temat podmiotów niepowiązanych. Wszystko to powoduje, że omawiane zagadnienie ciągle budzi bardzo wiele wątpliwości.
Certyfikacja produktu a podatek u źródła. Posiadanie różnego rodzaju certyfikatów potwierdzających jakość oferowanych produktów sprawia, że potencjalni klienci bardzie przychylnie patrzą na oferowane na rynku przez podatnika dobra. Nic więc dziwnego, że coraz więcej spółek zabiega o pozyskanie określonego certyfikatu. Jest to jednak poprzedzone najczęściej przeprowadzeniem przez niezależny podmiot procesu certyfikacji, w ramach którego badane jest spełnienie określonych norm przez dostarczany na rynek produkt. Z kolei finalne uzyskanie certyfikatu wiąże się zazwyczaj z ponoszeniem pewnych periodycznych opłat za korzystanie z niego. Warto zatem wiedzieć, że zarówno opłaty z tytułu usługi certyfikacji, jak i z tytułu samego korzystania z certyfikatu, co do zasady, nie są objęte opodatkowaniem podatkiem u źródła.
Sprzedaż zaewidencjonowana przy zastosowaniu kasy rejestrującej musi być uwzględniona w ewidencji VAT na podstawie dobowego lub miesięcznego raportu fiskalnego. Raport taki oznaczany jest w rejestrze sprzedaży jako dokument „RO”. Ujmowanie raportu fiskalnego „RO” jest obligatoryjne bez względu na to, czy podatnik ewidencjonuje sprzedaż przy zastosowaniu kasy rejestrującej, działając w ramach obowiązku wynikającego z przepisów, czy jest to efektem decyzji podatnika. W obu przypadkach rozliczenie sprzedaży ujętej w kasie rejestrującej dokonywane jest na podstawie raportu kasowego. Faktury wystawione na rzecz osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczej i rolników ryczałtowych dotyczące sprzedaży ujętej na kasie rejestrującej należy ujmować w ewidencji za okres, w którym zostały wystawione. Faktury (z oznaczeniem „FP”), wystawione na rzecz osoby fizycznej nieprowadzącej działalności gospodarczej i rolnika ryczałtowego, są objęte zakresem art. 109 ust. 3d ustawy. Tak uznał Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej w interpretacji indywidualnej z 18 października 2021 r. (sygn. 0113-KDIPT1-3.4012.668.2021.1.JM).
Fikcyjne faktury. Tylko w I połowie 2021 roku doszło do wykrycia ponad 85 tys. fikcyjnych faktur. Opiewały one na łączną kwotę 6,2 mld złotych. Analizy na plikach JPK_VAT, złożonych za pół roku, przyczyniły się do zidentyfikowania ponad 53 tys. fałszywych dokumentów, które zostały wystawione przez podmioty niezarejestrowane do VAT-u. W tym przypadku mówimy o kwocie blisko 794 mln zł. Natomiast na podstawie rozliczeń za okres od stycznia do maja wykryto podmioty niedeklarujące sprzedaży. One wystawiły około 320 tys. faktur na blisko 1,8 mld zł.