Nie należy wszczynać egzekucji, kontroli podatkowej, czynności sprawdzających i wszelkich innych procedur, jeżeli podatnik wnioskuje o odroczenie lub rozłożenie na raty zapłaty daniny – zaleciło urzędom skarbowym Ministerstwo Finansów. Z wytycznych wynika też, że nadpłaty mają być zwracane nawet tym, którzy zalegają wobec fiskusa z innego tytułu. „Innymi słowy zwroty podatków i nadpłat podatków powstałe przed dniem powstania zaległości podatkowej nie będą zaliczane na poczet odroczonych lub rozłożonych na raty zaległości podatkowych, tylko zwracane bezpośrednio” – czytamy w zaleceniach. W pierwszej kolejności urzędy skarbowe mają odraczać terminy zapłaty podatków lub rozkładać je na raty. Przy umorzeniu „zaleca się pogłębioną analizę zasad pomocy publicznej”.
Rok 2019 był kolejnym, w którym Krajowa Administracja Skarbowa rzadziej kontrolowała podatników. Liczba kontroli celno-skarbowych spadła o 14,5%, a kontroli podatkowych o 11,6% w porównaniu do 2018 roku. Typowanie do kontroli opiera się na analizie ryzyka, do której wykorzystywane są zaawansowane narzędzia analityczne (BIG DATA). Kontrole podatkowe często zastępowane są czynnościami sprawdzającymi.
W Ordynacji podatkowej przyjęto zasadę równej mocy środków dowodowych. Oznacza to, że taką samą moc dowodową ma zeznanie świadka, wyjaśnienie na piśmie, opinia biegłego, oryginał dowodu księgowego czy poświadczona „za zgodność z oryginałem” kserokopia. Nie ma więc żadnych przesłanek ku temu, by dowód z zeznań świadków traktować gorzej niż dowód w postaci ich oświadczenia złożonego na piśmie.
Organy podatkowe mają obowiązek kontrolować m.in. czy podatnicy nie zawyżają kosztów uzyskania przychodu, a tym samym, czy celowo nie zmniejszają podstawy opodatkowania. W przypadku stwierdzenia nieprawidłowości podatnik ma prawo do złożenia korekty (deklaracji, zeznania podatkowego), a jeżeli korekta nie zostanie złożona, organ wyda decyzję wymiarową w postępowaniu podatkowym.
Przepisy unijne nie stoją na przeszkodzie, w kontekście zasady skuteczności ścigania w sprawach przestępstw z dziedziny podatku VAT, stosowaniu przez sąd krajowy przepisu krajowego stanowiącego, że należy odrzucić w postępowaniu podatkowym dowody, takie jak nagrania z podsłuchów telefonicznych, wymagające uprzedniej zgody sądu - tak orzekł Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej.
Narzędzia jakimi dysponują organy podatkowe powodują, że kontrole są coraz skuteczniejsze i mają coraz większy wymiar finansowy. Na przestrzeni ostatnich lat jest mniej kontroli przedsiębiorców, ale w ich wyniku znacznie zwiększyła się kwota stwierdzonych uszczupleń podatkowych. W praktyce oznacza to, że kontroli jest mniej, ale celniej trafiają w podmioty, które naruszają przepisy podatkowe. To z kolei przekłada się zwiększenie ustaleń podatkowych oraz lepszą efektywność kontroli (stosunek zaangażowanych środków na przeprowadzenie kontroli do kwoty stwierdzonych uszczupleń podatkowych).