Ministerstwo Finansów bardziej szczegółowo zbada, czy transakcje i zmiany organizacyjne w ramach jednej grupy mają uzasadnienie biznesowe, czy służą jedynie korzyści podatkowej. Najbardziej narażone na kontrolę są firmy, które dokonują transakcji z podmiotami zagranicznymi, w szczególności mającymi siedzibę lub zarząd w krajach, gdzie obowiązują niższe stawki podatkowe niż w Polsce.
Zarówno kontrolowanemu podatnikowi, jak i organowi kontrolującemu przysługują w trakcie kontroli podatkowej określone przepisami Ordynacji podatkowej prawa i obowiązki. O ile jednak kontrolowanemu wolno robić wszystko, co nie jest zastrzeżone przepisami prawa, o tyle kontrolujący ma prawo jedynie do działań wyraźnie określonych w tych przepisach. Warto zatem wiedzieć, na co możemy pozwolić sobie, a także kontrolującemu w trakcie kontroli podatkowej.
Urząd skarbowy, w ramach akcji "Weź paragon", przeprowadza w okresie wakacyjnym kontrole kas rejestrujących. Dlatego warto wiedzieć, kiedy powstaje obowiązek prowadzenia ewidencji przy zastosowaniu kasy rejestrującej oraz czy sytuacje losowe, takie jak awaria czy przerwa w dostawie prądu, zwalniają go z obowiązku wydawania paragonu.
Kontrola skarbowa może się zakończyć decyzją, określającą zaległości podatkowe. Z reguły taka decyzja oznacza nieprzyjemności, ale przynajmniej wiadomo, jak ją podważać, kiedy podatnik nie zgadza się z ustaleniami kontrolujących. Inaczej jest w sytuacji, kiedy kontrola skarbowa kończy się wydaniem tzw. wyniku kontroli. O skutkach prawnych takiego wyniku wypowiedział się niedawno WSA w Rzeszowie.