Do pewnego czasu, zdaniem wielu urzędów skarbowych, brak rejestracji do podatku VAT oznaczał brak możliwości odliczenia podatku od zakupów, które zostały poniesione przed rejestracją. Jednak prawo unijne mówi wprost, że jeśli podmiot zachowuje się jako podatnik, to oznacza to, że jest podatnikiem i nabywa przy tym zarówno prawa jak i obowiązki z tym związane.
Zarówno kontrolowanemu podatnikowi, jak i organowi kontrolującemu przysługują w trakcie kontroli podatkowej określone przepisami Ordynacji podatkowej prawa i obowiązki. O ile jednak kontrolowanemu wolno robić wszystko, co nie jest zastrzeżone przepisami prawa, o tyle kontrolujący ma prawo jedynie do działań wyraźnie określonych w tych przepisach. Warto zatem wiedzieć, na co możemy pozwolić sobie, a także kontrolującemu w trakcie kontroli podatkowej.
Od 1 stycznia 2013 r. w podatku dochodowym istnieje obowiązek korekty kosztów uzyskania przychodów w przypadku niezapłacenia kwoty wynikającej z faktury lub innego dokumentu, będącego podstawą zaliczenia wydatku do kosztów. Minister Finansów znowelizował w związku z tym rozporządzenie w sprawie podatkowej księgi przychodów i rozchodów, wprowadzając przepisy, które określają sposób dokonania zapisów związanych z tą korektą w podatkowej księdze przychodów i rozchodów. Podatnicy, którzy w okresie od 1 stycznia do 11 maja 2013 r., czyli do dnia wejścia w życie zmian zmniejszali lub zwiększali koszty uzyskania przychodów, ale nie wykazywali tego w pkpir, powinni to zrobić w maju.