Od momentu akcesji Rzeczypospolitej Polskiej do Unii Europejskiej, czyli od 1 maja 2004 r., Polska zobowiązana jest przestrzegać prawa unijnego. Oznacza to, że przepisy krajowe powinny być interpretowane z uwzględnieniem uregulowań wspólnotowych i orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. W zakresie podatku od towarów i usług, interpretacja ta, powinna uwzględniać głównie Dyrektywy 112/2006/WE (w odniesieniu do stanu prawnego z 2011) oraz orzecznictwo TSUE, odnoszące się do tego aktu. Nie jest jednak tajemnicą, że w praktyce polskie organy podatkowe miewają duże trudności z wdrożeniem tych zasad w swojej działalności.
Zbyt pośpiesznie wykreślono z ordynacji przepisy o odpowiedzialności odszkodowawczej za błąd organu podatkowego. Osoby, które nie są dobrze zorientowane w przepisach prawa, zwłaszcza cywilnego, mogą mieć duży problem z odzyskaniem pieniędzy - twierdzi Dorota Szubielska, radca prawny, partner w kancelarii Chadbourne & Parke.
W przypadku wątpliwości co do przepisu podatkowego, urząd, wydając decyzję, także sąd wydając wyrok, będą miały obowiązek orzec na korzyść podatnika - takie rozwiązanie zakłada projekt noweli Ordynacji podatkowej podpisany i skierowany do Sejmu przez prezydenta. W projekcie zaproponowano także zmiany, które mają dać podatnikowi pewność, że administracja podatkowa nie będzie prowadzić spraw w nieskończoność.
W przypadku, gdy podatnik wykazał w deklaracji nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu, może domagać się następnie zliczenia zwrotu podatku od towarów i usług na poczet innego podatku, także takiego, dla poboru którego właściwy jest inny urząd skarbowy niż ten, do którego podatnik ma obowiązek uiścić VAT.