Do pewnego czasu, zdaniem wielu urzędów skarbowych, brak rejestracji do podatku VAT oznaczał brak możliwości odliczenia podatku od zakupów, które zostały poniesione przed rejestracją. Jednak prawo unijne mówi wprost, że jeśli podmiot zachowuje się jako podatnik, to oznacza to, że jest podatnikiem i nabywa przy tym zarówno prawa jak i obowiązki z tym związane.
Usługi kompleksowe nie są zdefiniowane w żadnych przepisach o VAT. Chodzi o prace wykonywane przez przedsiębiorcę dla jego kontrahenta lub klienta, w ramach których jest realizowanych kilka różnych usług – tak ściśle ze sobą powiązanych, że dla zamawiającego tworzą w praktyce jedną całość. Spory o to, które ze świadczeń są kompleksowe, a które odrębne, często musi rozwiązywać Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej.
Zarówno kontrolowanemu podatnikowi, jak i organowi kontrolującemu przysługują w trakcie kontroli podatkowej określone przepisami Ordynacji podatkowej prawa i obowiązki. O ile jednak kontrolowanemu wolno robić wszystko, co nie jest zastrzeżone przepisami prawa, o tyle kontrolujący ma prawo jedynie do działań wyraźnie określonych w tych przepisach. Warto zatem wiedzieć, na co możemy pozwolić sobie, a także kontrolującemu w trakcie kontroli podatkowej.